Niet-ivasieve prenatale diagnose (NIPD) van cystische fibrose

De recente ontwikkeling van technieken voor het analyseren van foetaal DNA dat circuleert in het bloed van de moeder opende nieuwe perspectieven voor prenatale diagnostiek (PD). Niet-invasieve PND (NIPD) is nu de voorkeursmethode voor de bepaling van het foetale geslacht (genetische aandoeningen gekoppeld aan het X-chromosoom) en het rhesusgenotype. NIPD begint toepassingen te vinden bij de diagnose van monogene ziekten voor mutaties van vaderlijke overdracht. Een aantal technische uitdagingen belemmeren echter nog steeds diagnostische toepassingen in routine, en moeten worden opgelost rekening houdend met de aspecten kosten, betrouwbaarheid (vals-negatief ...) en complexiteit van apparatuur en bioinformatica-onderzoeken.

De onderzoekers stellen voor om een ​​analytische en klinische NIPD-test voor cystische fibrose uit maternaal bloed te ontwikkelen en te valideren door analyse van circulerend vrij foetaal DNA (cff-DNA), op zoek naar de vaderlijke mutatie in families met heterozygotie van CFTR-verbindingen.

De testmethode op basis van MEMO gekoppeld aan een platform voor real-time PCR kan worden gebruikt voor de detectie van sporen van DNA-mutanten. Deze techniek wordt vaak gebruikt voor mutaties in mozaïek (minder dan 1%) van veel voorkomende kankergenen. Positieve detectie van de vaderlijke mutatie wordt altijd gecontroleerd door een tweede mini-sequencing-techniek.

Voorafgaand aan een specifieke CFTR-test wordt het DNA-profiel van elk monster bepaald met behulp van een in de handel verkrijgbare kit van Mini STR die is aangepast om casussen te bestuderen. Een tri-allelisch profiel voor markers zal de aanwezigheid van foetaal DNA in het bestudeerde monster aantonen en zal zo valse negatieven geassocieerd met het ontbreken of onvoldoende hoeveelheden van cff-DNA beperken.

De validatiestap van de analysemethoden van de onderzoekers zal worden uitgevoerd op chimere DNA-controlemonsters die kunstmatig zijn gemaakt. Vervolgens zal de test klinisch gevalideerd worden door een retrospectieve studie van maternale serum van zwangere vrouwen, die het onderwerp zijn geweest van PND of PGD (pre-implantatie genetische diagnose) van CF-aanvraag in het laboratorium tijdens de studieperiode (2012 tot 2013).

De onderzoekersstructuur is een referentiecentrum voor PGD, PND en NBS (newborn screening) van cystic fibrosis. De monsters worden verzameld in overeenstemming met de huidige regelgeving. De pre-analytische monsterbehandeling wordt in realtime uitgevoerd en het plasma wordt opgeslagen voor de tweede stap van het onderzoek.

De validatie van de voorgestelde tests zal toelaten:

• Een externe kwaliteitscontrole (QC) hebben die de aanwezigheid van een klein DNA in het bestudeerde monster bevestigt. Deze QC zou kunnen worden gebruikt voor alle NIPD-tests op basis van het zoeken naar een genomische sequentie die afwezig is in het maternale genoom
• Een zeer gevoelige methode hebben om sporen van mutant DNA te detecteren die kunnen worden ontwikkeld voor nieuwe NIPD-tests bij andere monogene ziekten door mutaties van dezelfde aard te detecteren.

Het project van de onderzoekers, beperkt tot het zoeken naar het vaderlijke allel in de familie met heterozygositeit van CFTR-verbindingen, is een eerste stap in de implementatie van een prenatale diagnosebenadering van cystische fibrose die de onderzoekers willen ontwikkelen om invasieve procedures te verminderen.