Неинвазивная пренатальная диагностика (NIPD) кистозного фиброза

Недавнее развитие методов анализа ДНК плода, циркулирующей в материнской крови, открыло новые перспективы для пренатальной диагностики (ПД). Неинвазивная ПНД (НИПД) в настоящее время является методом выбора для определения пола плода (генетические нарушения, связанные с Х-хромосомой) и резус-генотипа. НИПД начинает находить применение в диагностике моногенных заболеваний по мутациям отцовской передачи. Однако ряд технических проблем по-прежнему препятствует рутинным диагностическим применениям, и их необходимо решать с учетом аспектов стоимости, надежности (ложноотрицательные...) и сложности оборудования и биоинформатических исследований.

Исследователи предлагают разработать и утвердить аналитический и клинический тест NIPD на муковисцидоз из материнской крови путем анализа циркулирующей свободной фетальной ДНК (cff-DNA) с поиском отцовской мутации в семьях с гетерозиготностью по соединению CFTR.

Метод тестирования на основе MEMO, связанный с платформой для ПЦР в реальном времени, может быть использован для обнаружения мутантных следов ДНК. Эта методика обычно используется при мутациях в мозаичных (менее 1%) генах распространенных раков. Положительное обнаружение отцовской мутации всегда проверяется вторым методом мини-секвенирования.

Перед любым конкретным тестом CFTR профиль ДНК каждого образца будет определяться с использованием коммерческого набора Mini STR, адаптированного для изучения конкретных случаев. Триаллельный профиль по маркерам докажет наличие фетальной ДНК в исследуемом образце и, таким образом, снизит количество ложноотрицательных результатов, связанных с отсутствием или недостаточным количеством cff-ДНК.

Этап проверки аналитических методов исследователей будет проводиться на искусственно созданных контрольных образцах химерной ДНК. Затем тест будет клинически валидирован ретроспективным исследованием материнской сыворотки беременных женщин, которым в течение периода исследования (с 2012 по 2013 год) была проведена ПНД или ПГД (преимплантационная генетическая диагностика) запроса на муковисцидоз в лаборатории.

Структура исследователей является эталонным центром для PGD, PND и NBS (скрининг новорожденных) муковисцидоза. Образцы будут собраны в соответствии с действующими правилами. Преданалитическая обработка образцов будет проводиться в режиме реального времени, а плазма будет храниться для второго этапа исследования.

Валидация предложенных тестов позволит:

• Иметь внешний контроль качества (КК), подтверждающий наличие минорной ДНК в исследуемом образце. Этот QC можно использовать для всех тестов NIPD, основанных на поиске геномной последовательности, отсутствующей в материнском геноме.
• Иметь высокочувствительный метод обнаружения следов мутантной ДНК, который может быть разработан для новых тестов NIPD при других моногенных заболеваниях путем обнаружения мутаций той же природы.

Проект исследователей, ограниченный поиском отцовского аллеля в семье с гетерозиготностью соединения CFTR, является первым шагом в реализации подхода к пренатальной диагностике муковисцидоза, который исследователи стремятся разработать, чтобы уменьшить инвазивные процедуры.