Neivazivní prenatální diagnostika (NIPD) cystické fibrózy

Nedávný vývoj technik pro analýzu fetální DNA cirkulující v krvi matky otevřel nové perspektivy pro prenatální diagnostiku (PD). Neinvazivní PND (NIPD) je nyní metodou volby pro stanovení pohlaví plodu (genetické poruchy spojené s chromozomem X) a genotypu rhesus. NIPD začíná nacházet uplatnění v diagnostice monogenních onemocnění pro mutace otcovského přenosu. Řada technických problémů však stále brání diagnostickým aplikacím v rutině a je třeba je vyřešit s ohledem na náklady, spolehlivost (falešně negativní...) a složitost zařízení a bioinformatických studií.

Výzkumníci navrhují vyvinout a ověřit analytický a klinický NIPD test na cystickou fibrózu z mateřské krve analýzou cirkulující volné fetální DNA (cff-DNA), hledáním otcovské mutace v rodinách s heterozygotností sloučeniny CFTR.

Testovací metoda založená na MEMO spojená s platformou pro real-time PCR může být použita pro detekci stopové DNA mutanty. Tato technika se běžně používá pro mutace v mozaice (méně než 1 %) genů běžných rakovin. Pozitivní detekce paternální mutace je vždy kontrolována druhou minisekvenační technikou.

Před jakýmkoli specifickým testem CFTR bude DNA profil každého vzorku stanoven pomocí komerční sady Mini STR přizpůsobené ke studiu případových studií. Trialelický profil pro markery prokáže přítomnost fetální DNA ve studovaném vzorku a omezí tak falešné negativity spojené s nedostatkem nebo nedostatečným množstvím cff-DNA.

Validační krok analytických metod vyšetřovatelů bude proveden na uměle vytvořených kontrolních vzorcích chimérické DNA. Poté bude test klinicky validován retrospektivní studií mateřského séra těhotných žen, které byly v období studie (2012 až 2013) laboratorně podrobeny PND nebo PGD (preimplantační genetická diagnostika) žádosti o CF.

Struktura vyšetřovatelů je referenčním centrem pro PGD, PND a NBS (novorozenecký screening) cystické fibrózy. Vzorky budou odebírány v souladu se současnými předpisy. Předanalytické zpracování vzorků bude provedeno v reálném čase a plazma bude uložena pro druhý krok studie.

Validace navržených testů umožní:

• Mít externí kontrolu kvality (QC) potvrzující přítomnost minoritní DNA ve studovaném vzorku. Tato kontrola kvality by mohla být použita pro všechny testy NIPD založené na hledání genomové sekvence nepřítomné v mateřském genomu
• Mít vysoce citlivou metodu detekce stop mutantní DNA, kterou lze vyvinout pro nové testy NIPD u jiných monogenních onemocnění pomocí detekce mutací stejné povahy.

Projekt výzkumných pracovníků, omezený na hledání otcovské alely v rodině s heterozygotní sloučeninou CFTR, je prvním krokem v implementaci přístupu prenatální diagnostiky cystické fibrózy, který se výzkumníci snaží vyvinout za účelem omezení invazivních postupů.