Ikke-ivasiv prenatal diagnose (NIPD) av cystisk fibrose

Den nylige utviklingen av teknikker for å analysere føtalt DNA som sirkulerer i mors blod åpnet nye perspektiver for prenatal diagnose (PD). Ikke-invasiv PND (NIPD) er nå den foretrukne metoden for bestemmelse av fosterkjønn (genetiske lidelser knyttet til X-kromosom) og rhesus-genotype. NIPD begynner å finne applikasjoner i diagnostisering av monogene sykdommer for mutasjoner av paternal overføring. Imidlertid hemmer en rekke tekniske utfordringer fortsatt diagnostiske applikasjoner i rutinen, og må løses under hensyntagen til aspektene kostnader, pålitelighet (falsk negativ ..) og kompleksiteten til utstyr og bioinformatikkstudier.

Etterforskerne foreslår å utvikle og validere en analytisk og klinisk NIPD-test for cystisk fibrose fra mors blod ved å analysere sirkulerende fritt føtalt DNA (cff-DNA), på jakt etter den paternale mutasjonen i familier med CFTR-forbindelsesheterozygositet.

Testmetoden basert på MEMO knyttet til en plattform for sanntids PCR kan brukes for påvisning av spor DNA-mutant. Denne teknikken brukes ofte for mutasjoner i mosaikk (mindre enn 1%) av gener som er vanlige kreftformer. Positiv påvisning av den paternale mutasjonen kontrolleres alltid med en andre mini-sekvenseringsteknikk.

Før en spesifikk CFTR-test, vil DNA-profilen til hver prøve bli bestemt ved å bruke et kommersielt sett med Mini STR tilpasset for å studere saksbehandling. En tri-allelisk profil for markører vil bevise tilstedeværelsen av føtalt DNA i den studerte prøven og vil dermed begrense falske negativer assosiert med mangel på eller utilstrekkelige mengder cff-DNA.

Valideringstrinnet til etterforskernes analytiske metoder vil bli laget på kimære DNA-kontrollprøver som er kunstig laget. Deretter vil testen bli klinisk validert av en retrospektiv studie av morserum fra gravide kvinner, som har vært gjenstand for PND eller PGD (preimplantasjonsgenetisk diagnose) av CF-forespørsel i laboratoriet i løpet av studieperioden (2012 til 2013).

Etterforskers struktur er et referansesenter for PGD, PND og NBS (nyfødtscreening) av cystisk fibrose. Prøvene vil bli samlet inn i henhold til gjeldende regelverk. Den pre-analytiske prøvebehandlingen vil skje i sanntid og plasma vil bli lagret for andre trinn av studien.

Valideringen av de foreslåtte testene vil tillate:

• Å ha en ekstern kvalitetskontroll (QC) som bekrefter tilstedeværelsen av et mindre DNA i den studerte prøven. Denne QC kan brukes for alle NIPD-tester basert på søk etter en genomisk sekvens fraværende fra mors genom
• Å ha en svært sensitiv metode for å påvise spor av mutant DNA som kan utvikles for nye NIPD-tester ved andre monogene sykdommer ved å påvise mutasjoner av samme art.

Etterforskerprosjektet, begrenset til søket etter det paternelle allelet i familien med CFTR-forbindelse heterozygositet, er et første skritt i implementeringen av en prenatal diagnosetilnærming av cystisk fibrose som etterforskerne tar sikte på å utvikle for å redusere invasive prosedyrer.