Icke-ivasiv prenatal diagnos (NIPD) av cystisk fibros

Den senaste utvecklingen av tekniker för att analysera foster-DNA som cirkulerar i moderns blod öppnade nya perspektiv för prenatal diagnostik (PD). Icke-invasiv PND (NIPD) är nu den bästa metoden för bestämning av fosterkön (genetiska störningar kopplade till X-kromosom) och genotyp av rhesus. NIPD börjar hitta tillämpningar vid diagnos av monogena sjukdomar för mutationer av faderlig överföring. Ett antal tekniska utmaningar hindrar dock fortfarande diagnostiska tillämpningar i rutin, och måste lösas med hänsyn till aspekter av kostnad, tillförlitlighet (falsk negativ ..) och komplexitet hos utrustnings- och bioinformatikstudier.

Utredarna föreslår att utveckla och validera ett analytiskt och kliniskt NIPD-test för cystisk fibros från moderns blod genom analys av cirkulerande fritt foster-DNA (cff-DNA), som söker efter den paternala mutationen i familjer med CFTR-förenings heterozygositet.

Testmetoden baserad på MEMO associerad med en plattform för realtids-PCR kan användas för detektering av spår-DNA-mutant. Denna teknik används ofta för mutationer i mosaik (mindre än 1%) av gener vanliga cancerformer. Positiv detektion av den paternala mutationen kontrolleras alltid med en andra minisekvenseringsteknik.

Före ett specifikt CFTR-test kommer DNA-profilen för varje prov att bestämmas med hjälp av ett kommersiellt kit med Mini STR anpassat för att studera fall. En triallelisk profil för markörer kommer att bevisa närvaron av foster-DNA i det studerade provet och kommer således att begränsa falska negativa associerade med bristen eller otillräckliga mängder av cff-DNA.

Valideringssteget för utredarnas analytiska metoder kommer att göras på kimära DNA-kontrollprover som skapats på konstgjord väg. Därefter kommer testet att valideras kliniskt genom en retrospektiv studie av moderns serum från gravida kvinnor, som har varit föremål för PND eller PGD (preimplantationsgenetisk diagnos) av CF-begäran i laboratoriet under studieperioden (2012 till 2013).

Utredarnas struktur är ett referenscenter för PGD, PND och NBS (nyföddscreening) av cystisk fibros. Proverna kommer att samlas in i enlighet med gällande bestämmelser. Den preanalytiska provbehandlingen kommer att göras i realtid och plasma kommer att lagras för det andra steget i studien.

Valideringen av de föreslagna testerna kommer att tillåta:

• Att ha en extern kvalitetskontroll (QC) som bekräftar närvaron av ett mindre DNA i det studerade provet. Denna QC skulle kunna användas för alla NIPD-tester baserat på sökning av en genomisk sekvens som saknas från moderns genom
• Att ha en mycket känslig metod för att detektera spårmutant DNA som kan utvecklas för nya NIPD-tester vid andra monogena sjukdomar genom att detektera mutationer av samma karaktär.

Utredarnas projekt, begränsat till sökandet efter den faderliga allelen i familjen med CFTR-förenings heterozygositet, är ett första steg i implementeringen av en prenatal diagnostiseringsmetod av cystisk fibros som utredarna strävar efter att utveckla för att minska invasiva procedurer.