Évaluation d'un réseau d'oligonucléotides pour l'identification rapide des dermatophytes dans les échantillons cliniques

Les échantillons d'ongles de patients suspects d'onychomycose ont été analysés.

Collection:

Des échantillons ont été prélevés dans le cadre des soins standard aux patients du Département de dermatologie, Hôpital universitaire national Cheng Kung (NCKUH, un hôpital de référence tertiaire), Tainan, Taiwan.

Des échantillons d'ongles ont été prélevés sous forme de grattages sous-unguéaux, de coupures ou de curetages. Les échantillons ont été immédiatement transportés dans des tubes Eppendorf stériles à température ambiante au laboratoire du Département de dermatologie, NCKUH, pour la coloration au KOH et les cultures fongiques de routine.

Préparation de l'échantillon :

Chaque échantillon a été coupé en petits morceaux avec une lame chirurgicale et homogénéisé par un homogénéisateur en verre de 2 ml. La suspension a été traitée par la lyticase à 37 ° C pendant 30 min et extraite de l'ADN avec le kit d'ADN génomique Blood & Tissue.

Une analyse:

Si les résultats entre la matrice et la méthode de culture, l'analyse discordante avec le reséquençage, le montage KOH et le résultat du patient après le traitement antifongique. L'évaluation des performances de la matrice et des méthodes de culture avec la sensibilité, la spécificité, la valeur prédictive positive (PPV) et négative (VPN) a été calculée après analyse discordante. La différence significative a été estimée par le test exact de Fisher.