Evaluación de una matriz de oligonucleótidos para la identificación rápida de dermatofitos en muestras clínicas

Se analizaron las muestras de uñas de pacientes con sospecha de onicomicosis.

Recopilación:

Las muestras se recolectaron como parte de la atención estándar del paciente del Departamento de Dermatología, Hospital Universitario Nacional Cheng Kung (NCKUH, un hospital de referencia terciario), Tainan, Taiwán.

Las muestras de uñas se recogieron como raspados subungueales, recortes o curetaje. Las muestras se transportaron inmediatamente en tubos Eppendorf estériles a temperatura ambiente al laboratorio del Departamento de Dermatología, NCKUH, para tinción con KOH y cultivos de hongos de rutina.

Preparación de la muestra:

Cada muestra se cortó en pequeños trozos con un bisturí y se homogeneizó con un homogeneizador de vidrio de 2 ml. La suspensión se trató con liticasa a 37 °C durante 30 min y se extrajo el ADN con el kit de ADN genómico Blood & Tissue.

Análisis:

Si los resultados entre la matriz y el método de cultivo, el análisis discrepante con la nueva secuenciación, el montaje con KOH y el resultado del paciente después del tratamiento antimicótico. La evaluación del rendimiento de los métodos de matriz y cultivo con sensibilidad, especificidad, valor predictivo positivo (PPV) y negativo (NPV) se calculó después del análisis discrepante. La diferencia significativa se estimó mediante la prueba exacta de Fisher.