Avaliação de uma matriz de oligonucleotídeos para identificação rápida de dermatófitos em espécimes clínicos

As amostras de unhas de pacientes com suspeita de onicomicose foram analisadas.

Coleção:

As amostras foram coletadas como parte do atendimento padrão ao paciente do Departamento de Dermatologia, National Cheng Kung University Hospital (NCKUH, um hospital terciário de referência), Tainan, Taiwan.

Amostras de unhas foram coletadas como raspados subungueais, recortes ou curetagens. As amostras foram imediatamente transportadas em tubos Eppendorf estéreis à temperatura ambiente para o laboratório do Departamento de Dermatologia, NCKUH, para coloração com KOH e culturas fúngicas de rotina.

Preparação da Amostra:

Cada amostra foi cortada em pequenos pedaços com lâmina cirúrgica e homogeneizada em homogeneizador de vidro de 2 ml. A suspensão foi tratada por liticase a 37°C por 30 min e o DNA extraído com o kit de DNA genômico Blood & Tissue. O programa de PCR e a hibirdização de array são os mesmos do estudo anterior.

Análise:

Se os resultados entre a matriz e o método de cultura, análise discrepante com re-sequenciamento, montagem de KOH e o resultado do paciente após o tratamento antifúngico. A avaliação do desempenho dos métodos de matriz e cultura com sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo (VPP) e valor preditivo negativo (VPN) foi calculada após análise discrepante. A diferença significativa foi estimada pelo teste exato de Fisher.