Transplantation de microbiote fécal dans le syndrome du côlon irritable

1. Arrière plan

   Le syndrome du côlon irritable (IBS) est un trouble gastro-intestinal chronique, débilitant et fonctionnel avec une prévalence estimée dans la population en Europe entre 10 et 15 % (Ford et al). Ces symptômes peuvent être débilitants et entraîner une réduction significative de la qualité de vie, en particulier chez les personnes les plus gravement touchées.

   Les altérations de la fonction et de la composition du microbiote intestinal sont de plus en plus impliquées comme facteurs étiologiques potentiels. (Collins et al). L'un des indicateurs les plus puissants de ce concept est le risque significativement accru de développer un SCI après un épisode de gastro-entérite aiguë. Des études prospectives ont démontré qu'entre 3 et 36 % des infections entériques entraînent de nouveaux symptômes persistants du SCI. (Gwee et al., Neal et al) Un certain nombre d'études ont démontré que la diversité, la stabilité et l'activité métabolique du microbiote intestinal sont altérées chez les patients atteints du SCI par rapport aux individus sains (Jeffrey et al). Bien qu'aucune signature microbienne distincte n'ait été identifiée pour le SCI, plusieurs études ont montré une composition microbienne intestinale enrichie en Firmicutes ainsi qu'une abondance réduite de Bacteroides (Jeffery et al, Rajilic-Stojanovic et al).

   La transplantation microbienne fécale (FMT) s'est avérée être un traitement sûr, peu coûteux et efficace pour l'infection récurrente à Clostridium difficile, atteignant des taux de guérison allant jusqu'à 90 % dans certaines études avec un très bon profil d'effets secondaires et d'événements indésirables (van. Nood et al.). Dans cette étude, les chercheurs souhaitent déterminer si la restauration de profils sains de microbiote intestinal, à l'aide de selles de donneurs sains, conduira à de meilleurs résultats cliniques pour les patients atteints du SII.

   La greffe de microbiote fécal autologue utilisant la réinfusion des propres matières fécales des participants a déjà été utilisée comme placebo dans des études utilisant la FMT (Vrieze et al)

2. Étudier le design

   Le design de l'étude est une étude prospective randomisée contrôlée par placebo qui sera réalisée sur un site unique. L'étude comprendra quatre visites au total sur une période de 8 semaines. La première visite sera une visite de sélection pour évaluer l'éligibilité à l'étude. La deuxième visite sera la visite de traitement au cours de laquelle les patients recevront la FMT en utilisant les selles d'un donneur sain ou d'un placebo. Une greffe de microbiote fécal autologue sera utilisée comme placebo dans cette étude. Des visites de suivi seront effectuées 4 semaines et 8 semaines après le traitement.

   Jusqu'à 50 patients atteints du SCI seront recrutés pour l'étude. Tous les patients auront un diagnostic établi d'IBS selon les critères de Rome III. Les sujets seront recrutés parmi la population de patients atteints du SCI qui consultent les patients externes en gastro-entérologie de Cork. Les sujets seront assignés au hasard soit au groupe de traitement, soit au groupe témoin placebo.

3. Sélection des donateurs :

   Les selles du donneur proviendront de donneurs sains. Les donneurs seront interrogés pour s'assurer qu'ils sont en bonne santé et subiront un questionnaire de dépistage pour identifier le risque infectieux potentiel qui pourrait être transmis par les selles. Certains critères d'exclusion s'appliqueront et les donneurs subiront des tests de selles et de sérum. Le processus de don est sans danger pour le donneur (Bakken et al). Un individu sain sélectionné avec une composition microbienne diversifiée sera préférentiellement utilisé comme candidat donneur à moins que le souhait du receveur n'impose l'utilisation d'un donneur désigné.

   3.1 Critères d'exclusion des donneurs

   Risque d'agent infectieux Connu Virus de l'immunodéficience humaine, hépatite B ou C. Exposition connue au VIH ou à l'hépatite virale Maladie transmissible actuelle connue Facteurs de style de vie à haut risque Facteurs qui augmentent le risque de maladie de Creutzfeldt-Jakob. Co-morbidités gastro-intestinales Antécédents de maladie inflammatoire de l'intestin Antécédents de SCI Antécédents de malignité gastro-intestinale ou de polypose Antécédents de chirurgie gastro-intestinale majeure Facteurs pouvant affecter ou affectant la composition du microbiote intestinal. Antibiotiques au cours des 3 mois précédents Principaux médicaments immunosuppresseurs Médicaments antinéoplasiques systémiques Considérations supplémentaires spécifiques au receveur Ingestion récente d'un allergène potentiel lorsque le receveur a une allergie connue. Auto-immunité systémique Maladies atopiques Syndrome douloureux chronique Obésité.

   3.2 Test des donneurs

   Les tests de dépistage suivants seront effectués sur tous les donneurs potentiels :

   Analyse des selles Clostridium difficile par réaction en chaîne par polymérase (PCR) PCR pour Shigella, Salmonella, vérotoxine E. coli, Campylobacter Cryptosporidium Ovules et parasites Test sérologique VIH, type 1 et 2 Hépatite A IgM Antigène de surface de l'hépatite B, anticorps de base de l'hépatite B et hépatite B anticorps de surface.

   Dépistage de l'hépatite C virus de la leucémie à cellules T humaines (HTLV) Rapid Plasma Reagin et anticorps tréponémique fluorescent absorbés.

4. Protocole de procédure FMT :

Les procédures suivantes doivent être suivies en termes de préparation du donneur et du receveur et dans la préparation et l'administration des selles du donneur.

1. Préparation du donneur Peut utiliser un laxatif osmotique doux la veille de l'intervention. Fournir l'échantillon de selles le matin de la procédure.
2. Préparation du receveur Préparation standard de l'intestin avant la coloscopie la veille de la FMT.

3. Préparation des selles Après passage des selles par le donneur, celles-ci seront immédiatement transférées dans une hotte anaérobie pour y être traitées.

   Les selles seront diluées et filtrées produisant une consistance de bouillie liquide. Les selles liquides seront ensuite placées dans une bouteille anaérobie et transférées au site d'administration.

4. Administration des selles. Les selles doivent être administrées dès que possible après leur préparation, au maximum 2 heures.

   La FMT sera réalisée par voie endoscopique. Tous les patients subiront une coloscopie et les selles liquides seront perfusées à travers l'endoscope.

   Idéalement, tous les patients auront également une perfusion duodénale de selles réalisée via une oesphogastrodoudenoscopie lors de la même séance. Cependant, si le patient n'y consent pas, cela ne sera pas considéré comme une violation du protocole.

5. Procédures d'étude :

   L'étude sera menée comme indiqué dans ce protocole et conformément aux lignes directrices de l'ICH sur les bonnes pratiques cliniques et à la déclaration d'Helsinki [annexe A]. Un consentement éclairé sera obtenu avant que toute procédure liée à l'étude ne soit entreprise.

   5.1.1 Visite de dépistage (Visite 1)

   Le but de l'étude et les procédures à entreprendre seront expliqués à tous les sujets potentiels. Les sujets seront ensuite invités à lire la fiche d'information du sujet et à lire et signer le formulaire de consentement éclairé, et recevront une copie signée. Les évaluations suivantes seront effectuées lors de la visite 1. Consentement éclairé. Index Prélèvements sanguins Prélèvements de selles

   Si le patient répond aux critères d'éligibilité, il reviendra dans les 28 jours pour subir une transplantation de microbiote fécal.

   5.1.2 Visite de traitement (visite 2)

   Lors de la visite 2, les patients subiront une transplantation microbienne fécale. Avant la procédure, tous les patients doivent subir une préparation intestinale standard. Lors de la visite 2, les évaluations suivantes seront effectuées sur tous les patients avant la réalisation de la FMT Brève entrevue sur les semaines précédentes Signes vitaux et examen physique. Évaluation de l'éligibilité Consentement éclairé pour l'endoscopie.

   Les selles du donneur seront administrées au patient par endoscopie. Tous les patients subiront une coloscopie et les selles du donneur seront perfusées à travers le coloscope. La décision d'effectuer une perfusion duodénale ainsi qu'une perfusion colique sera dictée par la préférence du patient. Si le patient y consent, il subira également une oesphogastrodoudénoscopie et les selles du donneur seront perfusées par le gastroscope dans le duodénum du patient.

   Après la procédure, le brevet sera géré en récupération conformément aux directives d'endoscopie standard.

   5.1.3 Visite 3 et 4 - Visites de suivi.

   Lors des visites 3 et 4, les patients seront soumis à l'entretien suivant sur les semaines précédentes. Signes vitaux et examen physique, y compris IMC Médicaments concomitants Surveillance des événements indésirables Échantillons de sang pour la clinique et la recherche. Échantillon de selles (prélevé à domicile avant la visite). Questionnaire sur la fréquence des repas Scores d'évaluation des symptômes du SII Question d'évaluation globale. Échelle hospitalière d'anxiété et de dépression Indice international d'activité physique

   5.2 Retrait de sujets de l'étude

   Les sujets seront retirés de l'étude si le sujet; Choisit indépendamment de se retirer de l'étude ; S'il développe une condition qui contrevient aux critères d'origine ; Est considéré à tout moment comme inapte à poursuivre l'étude, à la discrétion de l'investigateur.

   5.3 Médicaments concomitants

   Les sujets seront interrogés sur leurs antécédents médicamenteux. Les détails de tout médicament pris seront enregistrés dans les notes de cas du patient et le formulaire de rapport de cas

   5.4 Évaluations des paramètres

   Les sujets subiront les évaluations suivantes : évaluation des changements dans les antécédents médicaux et chirurgicaux depuis les visites de référence/traitement, scores de gravité/qualité de vie du SII, évaluation/analyse d'échantillons fécaux, analyse d'échantillons de sang, évaluation physique, médicaments concomitants et événements indésirables.

   Pour assurer la sécurité des sujets, les évaluations suivantes seront effectuées au cours de l'étude : signes vitaux, surveillance des événements indésirables, examen physique et évaluations de laboratoire

6. Collectes et analyses d'échantillons biologiques :

6.1 Sang

Le sang sera prélevé à chaque visite pour analyse clinique hématologique et biochimique et analyse des cytokines.

Les panels d'hématologie et de biochimie seront effectués selon la norme d'un soin - Numération sanguine complète (y compris l'hémoglobine, la numération des globules blancs, la numération plaquettaire, l'hématocrite et la numération différentielle des globules blancs), la vitesse de sédimentation des érythrocytes (ESR), le sodium, le potassium, le chlorure, l'urée , créatinine, protéines, albumine, crp, tests de la fonction hépatique et immunoglobuline quantitative (IgA, immunoglobuline G, IgM). Les participants subiront également des tests de dépistage du VIH, de l'hépatite B, de l'hépatite C, du HTLV et de la syphilis lors de la visite 1. Cette analyse sera effectuée dans les laboratoires de l'hôpital universitaire de Cork (CUH). Tous les résultats de laboratoire seront examinés et les rapports signés par les enquêteurs et enregistrés dans le formulaire de rapport de cas du patient (CRF).

Des sangs de recherche pour l'analyse sérique des marqueurs immunitaires inflammatoires, y compris les cytokines, seront effectués, ces sangs seront traités dans les laboratoires du Centre Pharmabiotique Alimentaire, University College Cork (UCC).

6.2 Échantillon fécal

Des échantillons fécaux seront prélevés à chaque visite. L'ADN bactérien sera extrait des échantillons fécaux de chaque sujet et la composition du microbiote déterminée par séquençage de gènes d'acide ribonucléique (ARN) ribosomal bactérien amplifiés, avant et après la transplantation de microbiote fécal. Des échantillons fécaux seront également analysés pour les particules virales et les études de phageome réalisées.

6.3 Collectes, stockage et analyse des biopsies/tissus intestinaux

Si le patient y consent, lors de son endoscopie au moment de la FMT, une biopsie du tissu intestinal sera réalisée. Les échantillons de tissus seront prélevés dans un milieu de culture et stockés à 4 0C jusqu'à leur livraison au laboratoire à UCC. L'analyse de la composition du microbiote sera effectuée par pyroséquençage direct de 20 000 à 40 000 amplicons du gène de l'ARNr 16S par sujet (Pubmed : 20571116). La génération et l'analyse de séquences effectuées par l'équipe de bioinformatique de l'UCC détermineront la composition du microbiote des individus.

6.4 Analyses

Les analyses de tous les échantillons prélevés seront effectuées dans les laboratoires du CUH et/ou de l'UCC/Teagasc. À certaines occasions, les analyses peuvent être effectuées en collaboration avec un tiers extérieur à UCC, y compris des sociétés pharmaceutiques, qui peuvent exiger que des échantillons soient expédiés à cette organisation. Ces échantillons seront codés et identifiés uniquement à l'aide de numéros d'identification d'échantillon anonymisés. De plus, des échantillons peuvent être stockés et utilisés pour des analyses dans des études futures. Encore une fois, les échantillons seront codés et identifiés uniquement à l'aide de numéros d'identification d'échantillon anonymisés.

7. Statistiques et alimentation de l'étude :

Un taux de réponse au placebo de 40 % est prévu dans cette population d'étude. L'étude sera suffisamment puissante pour détecter un bénéfice supplémentaire d'au moins 15 % dans le groupe de traitement par rapport au placebo.

Les objectifs primaires et secondaires seront analysés à l'aide de techniques statistiques paramétriques et non paramétriques standard pour tester l'efficacité de la FMT. L'objectif exploratoire sera évalué à l'aide d'analyses biostatistiques sophistiquées pour identifier un profil de microbiote qui prédit la réponse à la FMT.

8. Changements dans la conduite de l'étude ou des analyses prévues :

À l'exception des situations d'urgence, tout changement significatif du protocole (c'est-à-dire, un changement qui affecte la sécurité des sujets, la portée de l'investigation, la qualité scientifique de l'étude) ne sera pas mis en œuvre tant que le comité d'éthique indépendant (CEI) n'aura pas examiné, approuvé et documenté par écrit la modification du protocole. Les modifications comprennent les changements d'investigateur et d'investigateurs ou d'adresse du site, etc.

Lorsqu'une modification est apportée pour éliminer ou réduire le risque pour les sujets, elle peut être mise en œuvre avant examen et approbation par l'IEC. L'investigateur doit notifier par écrit à l'IEC cette modification dans les 5 jours ouvrables suivant sa mise en œuvre.

En cas d'urgence, l'investigateur doit instituer toutes les procédures médicales jugées appropriées, mais toutes ces procédures (mineures ou non significatives), changent (par ex. statisticien, erreurs typographiques, fautes d'orthographe, etc.) ne seront pas effectuées tant que ladite modification n'aura pas été examinée et approuvée par le comité d'éthique indépendant et qu'une note communiquant la modification ne sera pas fournie par l'investigateur.

9. Obligation de l'enquêteur :

L'étude sera menée conformément au code de bonnes pratiques cliniques 21 des réglementations fédérales 50, 56 et 312 ; Conférence internationale d'harmonisation (ICH) Bonnes pratiques cliniques publiées dans le registre fédéral ; 9 mai 97 (volume 62, numéro 90, pages 25691-25709).

L'investigateur exécutera ou supervisera directement l'exécution de tous les services décrits ici, ou accessoires à ceux décrits ici, conformément aux normes les plus élevées de la pratique de la recherche médicale et clinique. La délégation de toute responsabilité d'étude sera documentée par écrit.

Il est de la responsabilité de l'investigateur et de tout co-investigateur de comprendre et de suivre le protocole, et de s'assurer que tous les membres du personnel assistant comprennent et suivent également le protocole.

10. Publicité :

Toutes les publicités pour des sujets, que ce soit dans des publications professionnelles ou grand public, à la radio, à la télévision ou par tout autre moyen, seront approuvées par le comité d'éthique indépendant avant d'être lancées.

11. Revue institutionnelle :

Le site, l'investigateur, le protocole, le formulaire de consentement éclairé et tout autre document pertinent pour cette étude seront approuvés par :

Comité d'éthique de la recherche de Cork des hôpitaux universitaires de Cork, Lancaster Hall, 6 Little Hanover Street, Cork.

L'étude ne commencera pas tant que l'IEC n'aura pas approuvé le protocole et le formulaire de consentement du sujet ainsi que toutes les publicités, journaux et instructions aux sujets, le cas échéant. L'approbation de l'IEC sera documentée par écrit à l'investigateur.

12. Consentement du sujet :

L'approbation du comité d'éthique indépendant du consentement éclairé écrit sera obtenue avant son utilisation.

Ce formulaire de consentement respectera toutes les réglementations régissant la protection des sujets humains.

Chaque sujet signera et datera un formulaire de consentement éclairé pour participer à l'étude. Une copie signée du formulaire de consentement sera remise au sujet et une copie signée sera conservée par l'investigateur dans les notes de cas du patient.

Les sujets peuvent se retirer de la participation à l'étude à tout moment sans préjudice. De plus, l'investigateur peut retirer des sujets de l'étude si c'est dans le meilleur intérêt des sujets. La raison du retrait du sujet de l'étude sera documentée dans les notes de cas du sujet.

13. Collecte de données :

Toutes les données collectées seront saisies dans le formulaire de rapport de cas des sujets et dans la base de données informatique, elles seront traitées et stockées en toute sécurité dans des conditions confidentielles. Les dossiers de l'étude seront stockés dans un classeur métallique verrouillé dans un bureau verrouillé à l'hôpital universitaire de Cork et dans des bases de données informatiques, qui nécessitent un code d'entrée.

L'enquêteur a la responsabilité de s'assurer que tous les documents sources (c. l'étude et/ou les dossiers médicaux) sont remplis et conservés conformément au protocole de l'étude et aux bonnes pratiques cliniques et sont disponibles sur le site.

Les documents sources pour cette étude comprendront les dossiers hospitaliers et les rapports de procédure et les formulaires de collecte de données. Ces documents serviront à la saisie des données sur les CRF.

Toutes les précautions conventionnelles seront maintenues pour garantir que les documents seront stockés en toute sécurité dans des conditions confidentielles. L'identité de tous les échantillons des patients et des dossiers d'étude autres que le consentement signé sera codée et les bases de données informatiques adopteront des codes plutôt que des noms de patients. De plus, l'accès à l'ordinateur nécessitera un code d'entrée.

Si pour une raison quelconque, le sujet ne termine pas l'étude, une explication sera inscrite sur les notes de cas.

Les méthodes de saisie/gestion des données seront conformes au protocole de l'étude et aux bonnes pratiques cliniques. L'identité de tous les sujets d'étude se fera par des numéros d'étude individuels. Le nom ou tout autre détail d'identification des sujets ne sera inclus dans aucun fichier électronique de données d'étude ou CRF

14. Revue institutionnelle :

Le site, l'investigateur, le protocole, le formulaire de consentement éclairé et tout autre document pertinent pour cette étude seront approuvés par :

Comité d'éthique de la recherche de Cork des hôpitaux universitaires de Cork, Lancaster Hall, 6 Little Hanover Street, Cork.

L'étude ne commencera pas tant que l'IEC n'aura pas approuvé le protocole et le formulaire de consentement du sujet ainsi que toutes les publicités, journaux et instructions aux sujets, le cas échéant. L'approbation de l'IEC sera documentée par écrit à l'investigateur.

15. Politique financière et d'assurance :

Cette étude est parrainée par l'Alimentary Pharmabiotic Centre, University College Cork, et sera indemnisée par la couverture responsabilité civile de l'University College Cork pour la recherche humaine.

16. Événements indésirables et graves :

Les événements indésirables et les événements indésirables graves seront surveillés et enregistrés tout au long de l'étude pour assurer la sécurité des patients.

À chaque visite, les sujets seront interrogés sur les événements indésirables qu'ils ont pu ressentir depuis la dernière visite.

Tous les événements indésirables (EI) signalés seront codés à l'aide du dictionnaire COSTART5 et répertoriés documentant la durée, la gravité, la relation avec le traitement de l'étude, le résultat du sujet et si un traitement était nécessaire.