Profilage protéomique de la hernie diaphragmatique congénitale (pro-CDH)

Les patientes enceintes pour lesquelles une amniocentèse sera réalisée dans le cadre de la prise en charge prénatale de l'HDC confirmée par échographie fœtale seront approchées pour inclusion dans l'étude. L'indication de l'amniocentèse sera indiquée selon les normes de soins habituelles. En bref, l'étude n'impliquera aucune procédure invasive supplémentaire. Dans notre étude, l'amniocentèse sera indiquée lors de la prise en charge conventionnelle de ces patientes. Les besoins de nos recherches ne conduiront pas à des amniocentèses supplémentaires, mais simplement à une augmentation du volume de liquide amniotique prélevé. Un volume supplémentaire de 5 ml sera prélevé pour des volumes habituellement pris de 20 à 30 ml. Ce volume d'échantillonnage aura un impact très limité sur le bien-être maternel et fœtal. Une analyse de la protéome du liquide amniotique des patients sera réalisée. Les quantités relatives de protéines et de peptides contenus dans le liquide amniotique seront analysées pour explorer les variations du profil protéomique qui peuvent refléter une gravité clinique différente en termes d'évolution ultérieure. La prise en charge habituelle des patients et de leurs enfants ne sera pas modifiée par les procédures liées à la recherche.

La première étape consistera à réaliser une déplétion des protéines majeures, notamment l'albumine. Un dosage protéique sera réalisé à partir de la même quantité de protéines pour chaque échantillon (standardisation). Cette étape de déplétion sera suivie d'une étape de migration sur un gel d'électrophorèse 1D. Son but est à la fois d'éliminer tous les contaminants pouvant gêner l'analyse par spectrométrie de masse, de séparer les protéines selon leur poids moléculaire afin de simplifier le mélange protéique et d'avoir un contrôle visuel de l'hétérogénéité de l'échantillon. Une analyse visuelle différentielle après coloration permettra de définir les zones très variables entre les groupes de patients et au sein d'un même échantillon. On sélectionnera la zone d'intérêt de manière identique pour chaque échantillon et pour l'ensemble de la piste de gel. L'utilisation de gels d'électrophorèse commerciaux d'un même lot et l'analyse parallèle de plusieurs échantillons de groupes différents et l'utilisation de contrôles de qualité assurent la reproductibilité. Les protéines contenues dans ces bandes/zones de gel sont ensuite digérées selon un protocole standardisé dans des conditions contrôlées. Le traitement simultané des différents échantillons biologiques permet de réduire considérablement l'impact de la variabilité de cette étape dans l'analyse statistique différentielle finale. A l'issue de cette étape les protéines sont analysées par une approche LC-ESI MS/MS. Cette approche LC-ESI MS/MS consiste à séparer les peptides sur une colonne de séparation chromatographique qui est couplée directement au spectromètre de masse ESI-MS/M. Cette approche analytique peut permettre l'identification de plus de 1000 protéines et 5000 peptides. Cette analyse est répétée 3 fois par échantillon afin de pouvoir prendre en compte la variabilité analytique dans les études statistiques différentielles. A l'issue de ce protocole les données brutes de chaque zone sont regroupées par échantillon et l'étude statistique différentielle peut être réalisée.