Proteominen profilointi synnynnäiselle palleatyrälle (pro-CDH)

Raskaana olevat potilaat, joille lapsivesitutkimus tehdään osana sikiön ultraäänellä vahvistetun CDH:n prenataalihoitoa, otetaan mukaan tutkimukseen. Lapsivesitutkimuksen indikaatio indikoidaan tavanomaisten hoitostandardien mukaisesti. Lyhyesti sanottuna tutkimukseen ei sisälly ylimääräistä invasiivista toimenpidettä. Tutkimuksessamme lapsivesitutkimus on indikoitu näiden potilaiden tavanomaisen hoidon aikana. Tutkimuksemme tarpeet eivät johda uusiin lapsivesitutkimuksiin, vaan yksinkertaisesti kerättyjen lapsivesien määrän kasvuun. Tavallisesti 20–30 ml:n tilavuudesta otetaan 5 ml:n lisänäyte. Tällä näytteenottomäärällä on hyvin rajallinen vaikutus äidin ja sikiön hyvinvointiin. Potilaiden lapsivesien proteomin analyysi suoritetaan. Lapsiveden sisältämien proteiinien ja peptidien suhteelliset määrät analysoidaan proteomisen profiilin vaihteluiden tutkimiseksi, jotka voivat heijastaa erilaista kliinistä painovoimaa jatkokehityksen kannalta. Potilaiden ja heidän lastensa tavanomaista hoitoa ei muuteta tutkimukseen liittyvillä menettelyillä.

Ensimmäinen vaihe koostuu tärkeimpien proteiinien, erityisesti albumiinin, tyhjentämisestä. Proteiinimääritys suoritetaan samasta proteiinimäärästä jokaiselle näytteelle (standardointi). Tätä tyhjennysvaihetta seuraa migraatiovaihe 1D-elektroforeesigeelissä. Sen tarkoituksena on sekä eliminoida kaikki epäpuhtaudet, jotka voivat haitata massaspektrometria-analyysiä, erottaa proteiinit niiden molekyylipainon mukaan proteiiniseoksen yksinkertaistamiseksi ja hallita visuaalisesti näytteen heterogeenisyyttä. Värjäyksen jälkeinen differentiaalinen visuaalinen analyysi mahdollistaa erittäin vaihtelevien vyöhykkeiden määrittämisen potilasryhmien välillä ja saman näytteen sisällä. Valitsemme kiinnostuksen kohteena olevan vyöhykkeen samalla tavalla jokaiselle näytteelle ja koko geeliradalle. Saman erän kaupallisten elektroforeesigeelien käyttö ja useiden eri ryhmien näytteiden rinnakkaisanalyysi ja laadunvalvonta varmistavat toistettavuuden. Näiden vyöhykkeiden/geelivyöhykkeiden sisältämät proteiinit pilkotaan sitten standardoidun protokollan mukaisesti kontrolloiduissa olosuhteissa. Erilaisten biologisten näytteiden samanaikainen käsittely mahdollistaa tämän vaiheen vaihtelun vaikutuksen vähentämisen merkittävästi lopullisessa differentiaalitilastollisessa analyysissä. Tämän vaiheen lopussa proteiinit analysoidaan LC-ESI MS/MS -lähestymistavalla. Tämä LC-ESI MS/MS -lähestymistapa koostuu peptidien erottamisesta kromatografisessa erotuskolonnissa, joka on kytketty suoraan ESI-MS/M-massaspektrometriin. Tämä analyyttinen lähestymistapa voi mahdollistaa yli 1000 proteiinin ja 5000 peptidin tunnistamisen. Tämä analyysi toistetaan 3 kertaa näytettä kohti, jotta analyyttinen vaihtelevuus voidaan ottaa huomioon differentiaalisissa tilastotutkimuksissa. Tämän protokollan lopussa kunkin vyöhykkeen raakatiedot yhdistetään näytteen mukaan ja voidaan suorittaa differentiaalinen tilastollinen tutkimus.