Proteomisk profilering for medfødt diafragmabrokk (pro-CDH)

Gravide pasienter som vil bli utført fostervannsprøver som en del av prenatal behandling av CDH bekreftet ved føtal ultralyd, vil bli kontaktet for inkludering i studien. Indikasjonen på fostervannsprøve vil bli indisert i henhold til vanlige standarder for omsorg. Kort fortalt vil studien ikke innebære noen ytterligere invasiv prosedyre. I vår studie vil fostervannsprøve bli indisert under konvensjonell behandling av disse pasientene. Behovene til vår forskning vil ikke føre til ytterligere fostervannsprøver, men bare en økning i volumet av fostervann som samles opp. Et ekstra volum på 5 ml vil bli tatt prøver for volumer som vanligvis tas fra 20 til 30 ml. Dette volumet av prøvetaking vil ha en svært begrenset innvirkning på mors og fosterets velvære. En analyse av proteomet til fostervannet til pasientene vil bli utført. De relative mengder proteiner og peptider i fostervannet vil bli analysert for å utforske variasjoner i proteomisk profil som kan reflektere forskjellig klinisk tyngdekraft når det gjelder videre utvikling. Den vanlige behandlingen av pasientene og deres barn vil ikke bli modifisert av prosedyrene knyttet til forskningen.

Det første trinnet vil bestå i å utføre en uttømming av de viktigste proteinene, spesielt albumin. En proteinanalyse vil bli utført fra samme mengde protein for hver prøve (standardisering). Dette uttømmingstrinnet vil bli fulgt av et migrasjonstrinn på en gel av 1D-elektroforese. Formålet er både å eliminere alle forurensninger som kan hindre massespektrometrianalyse, å separere proteinene i henhold til deres molekylvekt for å forenkle proteinblandingen og å ha en visuell kontroll av heterogeniteten til prøven. En differensiell visuell analyse etter farging vil tillate å definere de svært variable sonene mellom pasientgruppene og innenfor samme prøve. Vi vil velge interessesonen på identisk måte for hver prøve og for hele gelbanen. Bruk av kommersielle elektroforesegeler av samme batch og parallell analyse av flere prøver av forskjellige grupper og bruk av kvalitetskontroller sikrer reproduserbarhet. Proteinene i disse båndene/gelsonene fordøyes deretter i henhold til en standardisert protokoll under kontrollerte forhold. Den samtidige behandlingen av de forskjellige biologiske prøvene gjør det mulig å redusere virkningen av variabiliteten til dette trinnet i den endelige differensielle statistiske analysen betraktelig. På slutten av dette trinnet analyseres proteinene ved en LC-ESI MS / MS-tilnærming. Denne LC-ESI MS/MS-tilnærmingen består i å separere peptidene på en kromatografisk separasjonskolonne som kobles direkte til ESI-MS/M-massespektrometeret. Denne analytiske tilnærmingen kan tillate identifisering av mer enn 1000 proteiner og 5000 peptider. Denne analysen gjentas 3 ganger per prøve slik at analytisk variasjon kan tas i betraktning i differensialstatistiske studier. På slutten av denne protokollen blir rådataene for hver sone samlet av prøve og den differensielle statistiske studien kan utføres.