Proteomikus profilozás veleszületett rekeszizomsérv esetén (pro-CDH)

Azokat a terhes betegeket, akiknél a magzati ultrahanggal igazolt CDH prenatális kezelésének részeként amniocentézist végeznek, bevonják a vizsgálatba. Az amniocentézis indikációja a szokásos ellátási normák szerint történik. Röviden, a vizsgálat nem tartalmaz további invazív eljárást. Vizsgálatunkban ezeknek a betegeknek a hagyományos kezelése során amniocentézist javasolunk. Kutatásunk igényei nem vezetnek további magzatvíz vizsgálathoz, hanem egyszerűen az összegyűjtött magzatvíz mennyiségének növekedéséhez. A rendszerint 20–30 ml-es térfogatokhoz további 5 ml-es mintát vesznek. Ez a mintavételi mennyiség nagyon korlátozott hatással lesz az anya és a magzat jólétére. Elvégzik a betegek magzatvíz proteomjának elemzését. A magzatvízben található fehérjék és peptidek relatív mennyiségét elemezni fogják, hogy feltárják a proteomikus profil azon eltéréseit, amelyek a további evolúció szempontjából eltérő klinikai gravitációt tükrözhetnek. A betegek és gyermekeik szokásos kezelését a kutatáshoz kapcsolódó eljárások nem módosítják.

Az első lépés a fő fehérjék, különösen az albumin kimerítéséből áll. Minden minta esetében ugyanannyi fehérjéből fehérjevizsgálatot kell végezni (standardizálás). Ezt a kimerítési lépést egy migrációs lépés követi egy 1D elektroforézis gélen. Célja egyrészt a tömegspektrometriás analízist akadályozó szennyeződések eltávolítása, másrészt a fehérjék molekulatömeg szerinti elkülönítése a fehérjekeverék egyszerűsítése érdekében, valamint a minta heterogenitásának vizuális ellenőrzése. A festés utáni differenciális vizuális analízis lehetővé teszi a nagymértékben változó zónák meghatározását a betegcsoportok között és ugyanazon a mintán belül. Minden mintához és a teljes gélpályához azonos módon választjuk ki a kívánt zónát. A reprodukálhatóságot az azonos tételhez tartozó, kereskedelemben kapható elektroforézis gélek használata, valamint a különböző csoportok több mintájának párhuzamos elemzése és minőségellenőrzések alkalmazása biztosítja. Az ezekben a sávokban/gélzónákban lévő fehérjéket ezután szabványosított protokoll szerint, ellenőrzött körülmények között emésztjük. A különböző biológiai minták egyidejű kezelése lehetővé teszi ennek a lépésnek a variabilitásának hatásának jelentős csökkentését a végső differenciálstatisztikai elemzésben. Ennek a lépésnek a végén a fehérjéket LC-ESI MS/MS megközelítéssel elemezzük. Ez az LC-ESI MS/MS megközelítés abból áll, hogy a peptideket egy kromatográfiás elválasztó oszlopon választják el, amelyet közvetlenül az ESI-MS/M tömegspektrométerhez kapcsolnak. Ez az analitikai megközelítés több mint 1000 fehérje és 5000 peptid azonosítását teszi lehetővé. Ezt az elemzést mintánként háromszor megismételjük, hogy az analitikai variabilitást figyelembe lehessen venni a differenciálstatisztikai vizsgálatok során. A protokoll végén az egyes zónák nyers adatait mintánként összevonják, és elvégezhető a differenciálstatisztikai vizsgálat.