Proteomisk profilering for medfødt diafragmabrok (pro-CDH)

Gravide patienter, for hvem der vil blive udført fostervandsprøver som en del af den prænatale behandling af CDH bekræftet ved føtal ultralyd, vil blive henvendt til inklusion i undersøgelsen. Indikationen af ​​fostervandsprøver vil blive angivet i henhold til de sædvanlige standarder for pleje. Kort fortalt vil undersøgelsen ikke involvere nogen yderligere invasiv procedure. I vores undersøgelse vil fostervandsprøver være indiceret under den konventionelle behandling af disse patienter. Behovene for vores forskning vil ikke føre til yderligere fostervandsprøver, men blot en stigning i mængden af ​​opsamlet fostervand. Der udtages en ekstra volumen på 5 ml for volumener, der normalt tages fra 20 til 30 ml. Denne mængde prøveudtagning vil have en meget begrænset indvirkning på moderens og fostrets velbefindende. En analyse af proteomet af patienternes fostervand vil blive udført. De relative mængder af proteiner og peptider indeholdt i fostervandet vil blive analyseret for at udforske variationer i proteomisk profil, der kan afspejle forskellig klinisk tyngdekraft i form af yderligere udvikling. Den sædvanlige behandling af patienterne og deres børn vil ikke blive ændret af procedurerne i forbindelse med forskningen.

Det første trin vil bestå i at udføre en udtømning af de vigtigste proteiner, især albumin. En proteinanalyse vil blive udført fra den samme mængde protein for hver prøve (standardisering). Dette udtømningstrin vil blive efterfulgt af et migrationstrin på en gel af 1D elektroforese. Dens formål er både at eliminere alle de kontaminanter, der kan hindre massespektrometrianalyse, at adskille proteinerne i henhold til deres molekylvægt for at forenkle proteinblandingen og at have en visuel kontrol af prøvens heterogenitet. En differentiel visuel analyse efter farvning vil gøre det muligt at definere de meget variable zoner mellem grupperne af patienter og inden for samme prøve. Vi vil vælge den zone af interesse på identisk måde for hver prøve og for hele gelbanen. Brugen af ​​kommercielle elektroforesegeler af samme batch og den parallelle analyse af flere prøver af forskellige grupper og brugen af ​​kvalitetskontroller sikrer reproducerbarhed. Proteinerne indeholdt i disse bånd/gelzoner fordøjes derefter i henhold til en standardiseret protokol under kontrollerede betingelser. Den samtidige behandling af de forskellige biologiske prøver gør det muligt betydeligt at reducere virkningen af ​​variabiliteten af ​​dette trin i den endelige differentielle statistiske analyse. I slutningen af ​​dette trin analyseres proteinerne ved en LC-ESI MS / MS tilgang. Denne LC-ESI MS/MS-tilgang består af adskillelse af peptiderne på en kromatografisk separationssøjle, som er koblet direkte til ESI-MS/M-massespektrometeret. Denne analytiske tilgang kan tillade identifikation af mere end 1000 proteiner og 5000 peptider. Denne analyse gentages 3 gange pr. prøve, så analytisk variabilitet kan tages i betragtning i differentielle statistiske undersøgelser. Ved afslutningen af ​​denne protokol samles rådataene for hver zone pr. prøve, og den differentielle statistiske undersøgelse kan udføres.