Évaluation prospective multicentrique du kit MycoGenie pour le diagnostic de l'aspergillose invasive (MYCOGENIE)

Le diagnostic précis de l'aspergillose pulmonaire invasive (IPA) chez les patients à haut risque d'infection fongique invasive reste difficile en raison des difficultés à différencier l'IPA des infections pulmonaires causées par d'autres moisissures ou bactéries sur des bases cliniques et radiologiques. Par conséquent, le diagnostic microbiologique basé sur la culture est d'une importance primordiale mais nécessite des procédures semi-invasives ou invasives, telles que le lavage bronchoalvéolaire (BAL) ou la biopsie à l'aiguille guidée par tomodensitométrie (CT).

D'autres méthodes de diagnostic comprennent la détection de biomarqueurs, tels que les antigènes fongiques (Aspergillus galactomannane [GM]) ou l'ADN libéré par les hyphes d'Aspergillus dans les tissus hôtes. Ces biomarqueurs sont bien reconnus comme prédicteurs précoces de l'IPA Récemment, plusieurs évaluations cliniques pour détecter l'ADN d'Aspergillus, soit dans des échantillons respiratoires soit dans des échantillons sanguins, ont clairement montré la valeur diagnostique de ce biomarqueur. De plus, des recommandations méthodologiques ont été établies pour les protocoles de PCR, et différents kits standardisés de PCR quantitative Aspergillus (qPCR) ont été commercialisés. Ces avancées récentes montrent que la PCR est maintenant mature pour une utilisation de routine en milieu clinique.

Un autre problème est l'émergence de l'aspergillose due à des isolats résistants aux azoles. La résistance acquise aux azoles chez A. fumigatus est signalée depuis 1997 et est apparue dans de nombreux pays, notamment en Europe, ainsi que sur d'autres continents. Dans certains cas, la résistance acquise peut être induite par la sélection antifongique chez les patients recevant un traitement à long terme. Néanmoins, il semble que de nombreuses souches résistantes aux azoles soient originaires de l'environnement en raison de la sélection par les fongicides azolés utilisés en agriculture. La résistance à l'azole chez A. fumigatus est principalement associée à des mutations du gène cyp51A, et parmi plusieurs mutations décrites, la plus fréquente est la mutation comprenant une répétition en tandem de 34 pb (TR34) et l'altération L98H. Étant donné que les azoles sont le traitement de première intention recommandé pour l'IPA, l'émergence de la résistance aux azoles est inquiétante et s'est avérée associée à un taux accru d'échec clinique. Pour ces raisons, des tests de routine de sensibilité aux antifongiques des isolats cliniques ont été récemment recommandés. Néanmoins, les isolats ne sont pas toujours récupérés en culture, en particulier pour les patients atteints d'hémopathies malignes. Par conséquent, la détection moléculaire de la résistance peut être une avancée majeure pour la prise en charge des patients atteints d'aspergillose invasive.

L'objectif de cette étude sera de valider le nouveau kit de PCR en temps réel MycoGENIE A. fumigatus et d'évaluer ses performances sur des échantillons cliniques pour la détection d'A. fumigatus et de sa résistance aux azoles. Ce test multiplex détecte l'ADN du complexe d'espèces A. fumigatus en ciblant le gène d'ARNr 28S multicopie et les mutations spécifiques TR34 et L98H dans le gène cyp51A à copie unique d'A. fumigatus.

L'étude sera réalisée chez des patients hématologiques présentant un risque élevé de développer une IA au cours de la chimiothérapie. Chez ces patients, un dépistage bihebdomadaire des GM est réalisé en routine dans tous les centres en France. La PCR sera effectuée sur les échantillons utilisés pour la détection des OGM. L'ADN sera extrait selon le protocole du fabricant, en utilisant le kit MycoGENIE pour la solution AutoMag. La PCR en temps réel pour la détection de l'ADN d'A. fumigatus sera réalisée à l'aide du kit de PCR en temps réel MycoGENIE A. fumigatus (Ademtech, Pessac, France).

L'IA sera définie comme une aspergillose avérée ou probable, selon les critères de l'EORTC.

Pour chaque patient, des données cliniques seront collectées dans chaque centre. Ces données comprennent : la classification EORTC, le type et la durée des traitements antifongiques, les résultats des tests GM, les résultats des cultures mycologiques et les résultats des tests PCR (positivité et valeurs Ct). Pour chaque patient un formulaire de rapport de cas (CRF) sera rempli et transféré au centre investigateur pour analyse. La sensibilité, la spécificité, la VPP et la VPN du test PCR seront calculées.