MycoGenie Kitin tuleva monikeskusarvio invasiivisen aspergilloosin diagnosoimiseksi (MYCOGENIE)

Invasiivisen keuhkoaspergilloosin (IPA) tarkka diagnoosi potilailla, joilla on suuri invasiivisen sieni-infektion riski, on edelleen haastavaa, koska IPA:ta on vaikea erottaa muiden homesienten tai bakteerien aiheuttamista keuhkoinfektioista kliinisistä ja radiologisista syistä. Siksi viljelyyn perustuva mikrobiologinen diagnoosi on ensisijaisen tärkeä, mutta vaatii puoliinvasiivisia tai invasiivisia toimenpiteitä, kuten bronkoalveolaarisen huuhtelun (BAL) tai tietokonetomografian (CT) ohjatun neulabiopsian.

Vaihtoehtoisiin diagnostisiin menetelmiin kuuluu biomarkkerien, kuten sieniantigeenien (Aspergillus galactomannan [GM]) tai Aspergillus hyphaen vapauttaman DNA:n havaitseminen isäntäkudoksissa. Nämä biomarkkerit tunnetaan hyvin varhaisina IPA-ennusteina. Viime aikoina useat kliiniset arvioinnit Aspergillus-DNA:n havaitsemiseksi joko hengityselimistä tai veripohjaisista näytteistä ovat osoittaneet selvästi tämän biomarkkerin diagnostisen arvon. Lisäksi PCR-protokollia varten on laadittu metodologisia suosituksia ja kaupallistettu erilaisia ​​standardoituja Aspergillus-kvantitatiivisia PCR-pakkauksia (qPCR). Nämä viimeaikaiset edistysaskeleet osoittavat, että PCR on nyt kypsä rutiinikäyttöön kliinisissä olosuhteissa.

Toinen ongelma on aspergilloosin ilmaantuminen atsolille vastustuskykyisten isolaattien vuoksi. A. fumigatusin hankittua atsoliresistenssiä on raportoitu vuodesta 1997 lähtien, ja se on ilmaantunut monissa maissa, erityisesti Euroopassa, sekä muilla mantereilla. Joissakin tapauksissa hankittu resistenssi voi johtua antifungaalisen lääkkeen valinnasta potilailla, jotka saavat pitkäaikaista hoitoa. Näyttää kuitenkin siltä, ​​että monet atsoliresistentit kannat ovat peräisin ympäristöstä maataloudessa käytettävien atsolisienimyrkkyjen selektion vuoksi. A. fumigatuksen atsoliresistenssi liittyy pääasiassa mutaatioihin cyp51A-geenissä, ja useista kuvatuista mutaatioista yleisin on mutaatio, joka käsittää 34 bp:n tandemtoiston (TR34) ja L98H-muutoksen. Koska atsolit ovat IPA:n ensisijainen hoito, atsoliresistenssin ilmaantuminen on huolestuttavaa ja sen on osoitettu liittyvän lisääntyneeseen kliinisen epäonnistumisen määrään. Näistä syistä on äskettäin suositeltu kliinisten isolaattien rutiininomaista antifungaalisen herkkyyden testausta. Kuitenkaan isolaatteja ei aina esiinny viljelmässä, etenkään potilailla, joilla on hematologisia pahanlaatuisia kasvaimia. Siksi resistenssin molekyylien havaitseminen voi olla merkittävä edistysaskel invasiivista aspergilloosia sairastavien potilaiden hoidossa.

Tämän tutkimuksen tavoitteena on validoida uusi MycoGENIE A. fumigatus -reaaliaikainen PCR-sarja ja arvioida sen suorituskykyä kliinisissä näytteissä A. fumigatus -bakteerin ja sen atsoliresistenssin havaitsemiseksi. Tämä moninkertainen määritys havaitsee DNA:n A. fumigatus -lajikompleksista kohdentamalla monikopioisen 28S-rRNA-geenin ja spesifiset TR34- ja L98H-mutaatiot A. fumigatus -bakteerin yhden kopion cyp51A-geenissä.

Tutkimus suoritetaan hematologisille potilaille, joilla on suuri riski saada IA ​​kemoterapian aikana. Näillä potilailla GM havaitaan joka toinen viikko rutiininomaisesti kaikissa Ranskan keskuksissa. PCR suoritetaan GM-detektioon käytetyille näytteille. DNA uutetaan valmistajan protokollan mukaisesti käyttämällä MycoGENIE-sarjaa AutoMag-liuokselle. Reaaliaikainen PCR A. fumigatusin DNA:n havaitsemiseksi suoritetaan käyttämällä MycoGENIE A. fumigatus -reaaliaikaista PCR-sarjaa (Ademtech, Pessac, Ranska).

Tekoäly määritellään todistetuksi tai todennäköiseksi aspergilloosiksi EORTC-kriteerien mukaan.

Jokaisesta potilaasta kerätään kliinisiä tietoja kussakin keskuksessa. Näitä tietoja ovat: EORTC-luokitus, sienilääkkeiden tyyppi ja kesto, GM-testien tulokset, mykologisten viljelmien tulokset ja PCR-testien tulokset (positiivisuus ja Ct-arvot). Jokaisesta potilaasta täytetään tapausraporttilomake (CRF), joka siirretään tutkimuskeskukseen analysoitavaksi. PCR-testin herkkyys, spesifisyys, PPV ja NPV lasketaan.