Prospektiv multicenterutvärdering av MycoGenie Kit för diagnos av invasiv aspergillos (MYCOGENIE)

Noggrann diagnos av invasiv pulmonell aspergillos (IPA) hos patienter med hög risk för invasiv svampinfektion är fortfarande utmanande på grund av svårigheter att skilja IPA från lunginfektioner orsakade av andra mögel eller bakterier på kliniska och radiologiska grunder. Därför är odlingsbaserad mikrobiologisk diagnos av primär betydelse men kräver semi-invasiva eller invasiva procedurer, såsom bronchoalveolar Lavage (BAL) eller datortomografi (CT)-guided nålbiopsi.

Alternativa diagnostiska metoder inkluderar detektering av biomarkörer, såsom svampantigener (Aspergillus galactomannan [GM]) eller DNA frisatt av Aspergillus-hyfer i värdvävnader. Dessa biomarkörer är välkända som tidiga IPA-prediktorer Nyligen har flera kliniska utvärderingar för att detektera Aspergillus-DNA, antingen i respiratoriska eller i blodbaserade prover, tydligt visat det diagnostiska värdet av denna biomarkör. Dessutom har metodologiska rekommendationer fastställts för PCR-protokoll, och olika standardiserade Aspergillus kvantitativa PCR (qPCR)-kit har kommersialiserats. Dessa senaste framsteg visar att PCR nu är mogen för rutinmässig användning i kliniska miljöer.

En annan fråga är uppkomsten av aspergillos på grund av azolresistenta isolat. Förvärvad azolresistens hos A. fumigatus har rapporterats sedan 1997 och har dykt upp i många länder, särskilt i Europa, såväl som på andra kontinenter. I vissa fall kan förvärvad resistens drivas av antimykotisk selektion hos patienter som får långtidsbehandling. Ändå verkar det som om många azolresistenta stammar har sitt ursprung i miljön på grund av urval av azolfungicider som används inom jordbruket. Azolresistens i A. fumigatus associeras huvudsakligen med mutationer i cyp51A-genen, och bland flera beskrivna mutationer är den vanligaste mutationen som omfattar en 34-bp tandemupprepning (TR34) och L98H-ändringen. Eftersom azoler är den rekommenderade förstahandsbehandlingen för IPA, är uppkomsten av azolresistens oroande och har visat sig vara associerad med en ökad frekvens av klinisk misslyckande. Av dessa skäl har rutinmässiga antimykotiska känslighetstestning av kliniska isolat rekommenderats nyligen. Icke desto mindre hämtas isolat inte alltid i odling, särskilt för patienter med hematologiska maligniteter. Därför kan molekylär detektion av resistens vara ett stort framsteg för hanteringen av patienter med invasiv aspergillos.

Syftet med denna studie kommer att vara att validera det nya MycoGENIE A. fumigatus realtids-PCR-kitet och att utvärdera dess prestanda på kliniska prover för detektion av A. fumigatus och dess azolresistens. Denna multiplexanalys detekterar DNA från artkomplexet A. fumigatus genom att rikta in sig på multikopia 28S rRNA-genen och specifika TR34- och L98H-mutationer i cyp51A-genen med en kopia av A. fumigatus.

Studien kommer att utföras på hematologiska patienter med hög risk att utveckla IA under kemoterapiförloppet. Hos dessa patienter görs rutinmässigt upptäckt av GM varannan vecka i alla centra i Frankrike. PCR kommer att utföras på de prover som används för GM-detektion. DNA kommer att extraheras enligt tillverkarens protokoll, med hjälp av MycoGENIE-kit för AutoMag-lösning. Realtids-PCR för detektion av A. fumigatus-DNA kommer att utföras med hjälp av MycoGENIE A. fumigatus realtids-PCR-kit (Ademtech, Pessac, Frankrike).

AI kommer att definieras som bevisad eller trolig aspergillos, enligt EORTC-kriterier.

För varje patient kommer kliniska data att samlas in i varje center. Dessa data inkluderar: EORTC-klassificering, typ och varaktighet av svampdödande behandlingar, resultat av GM-tester, resultat av mykologiska odlingar och resultat av PCR-tester (positivitet och Ct-värden). För varje patient kommer ett fallrapportformulär (CRF) att fyllas i och överföras till undersökningscentret för analys. Sensitivitet, specificitet, PPV och NPV för PCR-testet kommer att beräknas.