Prospektywna wieloośrodkowa ocena zestawu MycoGenie do diagnostyki inwazyjnej aspergilozy (MYCOGENIE)

Dokładna diagnoza inwazyjnej aspergilozy płucnej (IPA) u pacjentów z wysokim ryzykiem inwazyjnej infekcji grzybiczej pozostaje wyzwaniem ze względu na trudności w różnicowaniu IPA z infekcjami płuc wywołanymi przez inne pleśnie lub bakterie na podstawie klinicznej i radiologicznej. Dlatego diagnostyka mikrobiologiczna oparta na posiewie ma pierwszorzędne znaczenie, ale wymaga procedur półinwazyjnych lub inwazyjnych, takich jak płukanie oskrzelowo-pęcherzykowe (BAL) lub biopsja igłowa pod kontrolą tomografii komputerowej (CT).

Alternatywne metody diagnostyczne obejmują wykrywanie biomarkerów, takich jak antygeny grzybów (Aspergillus galactomannan [GM]) lub DNA uwalniane przez strzępki Aspergillus w tkankach gospodarza. Te biomarkery są dobrze znane jako wczesne predyktory IPA Ostatnio kilka ocen klinicznych mających na celu wykrycie DNA Aspergillus, zarówno w próbkach oddechowych, jak i we krwi, wyraźnie wykazało wartość diagnostyczną tego biomarkera. Ponadto opracowano zalecenia metodologiczne dla protokołów PCR i wprowadzono na rynek różne wystandaryzowane zestawy do ilościowego PCR (qPCR) Aspergillus. Te ostatnie postępy pokazują, że metoda PCR jest już dojrzała do rutynowego stosowania w warunkach klinicznych.

Innym problemem jest pojawienie się aspergilozy z powodu izolatów opornych na azole. Nabyta oporność na azole u A. fumigatus jest opisywana od 1997 r. i pojawiła się w wielu krajach, zwłaszcza w Europie, a także na innych kontynentach. W niektórych przypadkach oporność nabyta może być spowodowana selekcją leków przeciwgrzybiczych u pacjentów poddawanych długotrwałej terapii. Wydaje się jednak, że wiele szczepów azoloopornych powstało w środowisku w wyniku selekcji przez fungicydy azolowe stosowane w rolnictwie. Oporność na azole u A. fumigatus jest związana głównie z mutacjami w genie cyp51A, a spośród kilku opisanych mutacji najczęstszą jest mutacja obejmująca powtórzenie tandemowe o długości 34 bp (TR34) i zmianę L98H. Ponieważ azole są zalecanym lekiem pierwszego rzutu w IPA, pojawienie się oporności na azole jest niepokojące i wykazano, że wiąże się ze zwiększoną częstością niepowodzeń klinicznych. Z tych powodów ostatnio zaleca się rutynowe oznaczanie lekowrażliwości izolatów klinicznych. Niemniej jednak izolaty nie zawsze są pobierane w hodowli, szczególnie w przypadku pacjentów z nowotworami hematologicznymi. Dlatego molekularne wykrywanie oporności może być dużym postępem w leczeniu pacjentów z inwazyjną aspergilozą.

Celem tego badania będzie walidacja nowego zestawu do PCR w czasie rzeczywistym MycoGENIE A. fumigatus oraz ocena jego działania na próbkach klinicznych w wykrywaniu A. fumigatus i jego oporności na azole. Ten multipleksowy test wykrywa DNA z kompleksu gatunków A. fumigatus poprzez celowanie w wielokopiowy gen 28S rRNA i specyficzne mutacje TR34 i L98H w genie cyp51A pojedynczej kopii A. fumigatus.

Badanie zostanie przeprowadzone u pacjentów hematologicznych z wysokim ryzykiem rozwoju IA w przebiegu chemioterapii. U tych pacjentów we wszystkich ośrodkach we Francji rutynowo przeprowadza się wykrywanie GM raz na dwa tygodnie. PCR zostanie przeprowadzony na próbkach użytych do wykrycia GM. DNA zostanie pobrane zgodnie z protokołem producenta, przy użyciu zestawu MycoGENIE do roztworu AutoMag. Real-time PCR do wykrywania DNA A. fumigatus zostanie przeprowadzony przy użyciu zestawu MycoGENIE A. fumigatus real-time PCR (Ademtech, Pessac, Francja).

AI zostanie zdefiniowana jako potwierdzona lub prawdopodobna aspergiloza, zgodnie z kryteriami EORTC.

Dla każdego pacjenta dane kliniczne będą gromadzone w każdym ośrodku. Dane te obejmują: klasyfikację EORTC, rodzaj i czas trwania kuracji przeciwgrzybiczych, wyniki testów GM, wyniki posiewów mikologicznych oraz wyniki testów PCR (pozytywność i wartości Ct). Dla każdego pacjenta zostanie wypełniony formularz opisu przypadku (CRF) i przesłany do ośrodka badawczego w celu analizy. Zostaną obliczone czułość, swoistość, PPV i NPV testu PCR.