- ICH GCP
- Registre américain des essais cliniques
- Essai clinique NCT03525431
Utilité clinique du séquençage pédiatrique de l'exome entier
Séquençage génomique pour faciliter le diagnostic dans la pratique pédiatrique et prénatale : examen de l'utilité clinique, des implications éthiques, de la couverture des payeurs et de l'intégration des données dans une population diversifiée.
Aperçu de l'étude
Statut
Les conditions
Intervention / Traitement
Description détaillée
Le séquençage de nouvelle génération (NGS) change le paradigme des tests génétiques cliniques. Contrairement aux tests monogéniques hautement ciblés, le NGS permet d'examiner des panels de gènes, l'exome et l'ensemble du génome. Avec le large éventail de tests moléculaires désormais disponibles, les médecins prescripteurs sont confrontés à l'énigme de sélectionner le meilleur outil de diagnostic pour les patients suspects de maladies génétiques. Les tests monogéniques sont souvent plus appropriés pour les affections présentant des caractéristiques cliniques distinctives et une hétérogénéité de locus minimale. Les tests de panel de gènes basés sur le NGS, qui peuvent être complétés par une analyse des microréseaux chromosomiques (CMA) et d'autres méthodes auxiliaires, offrent une approche complète et réalisable pour les troubles bien documentés mais génétiquement hétérogènes. Le séquençage de l'exome entier (WES) et le séquençage du génome entier (WGS) ont l'avantage de permettre l'interrogation parallèle de la plupart des gènes du génome humain. Pour certains, le WES est préférable aux méthodes utilisées précédemment en raison d'un rendement diagnostique plus élevé, d'un délai de diagnostic plus court et d'un meilleur rapport coût-efficacité.
La possibilité d'étudier l'exome ouvre à la fois de nouvelles opportunités et de nouveaux défis. Par exemple, toutes les régions codantes de gènes connus doivent être analysées lors de l'application de WES à des cas non diagnostiqués avec des modèles d'hérédité peu clairs. Les limites actuelles des capacités d'interprétation des variantes et de la validité clinique soulèvent des questions sur l'utilité clinique du WES en tant que test de diagnostic autonome ou de premier choix. Les défis supplémentaires comprennent le conseil avant et après le test avec un consentement éclairé approprié et solide, la configuration et la validation de l'analyse bioinformatique, l'interprétation et la classification des variantes, le besoin de politiques et de protocoles concernant la découverte et la communication de résultats secondaires sans rapport avec l'indication présentée, une exigence pour la validation des résultats WES, l'assurance de la conformité aux normes de contrôle qualité, le stockage et l'accessibilité des données, et les questions de remboursement.
L'introduction du WES dans les soins cliniques pédiatriques des populations sous-représentées soulève des questions et des considérations supplémentaires concernant la couverture des paiements, l'accès et les normes de soins. Au-delà de la simple complexité du test et de ses résultats, les cliniciens et les systèmes de santé doivent tenir compte de nombreuses considérations, notamment : la couverture d'assurance privée et publique ; les différences linguistiques et culturelles et leurs implications pour le conseil génétique et les relations clinicien-patient ; possibilité d'accéder à des tests de suivi et à des soins cliniques ; et la capacité d'accéder à un traitement et à des services appropriés. Ces problèmes et d'autres affecteront non seulement la prise de décision des patients concernant le WES, mais également leurs besoins post-test pour le suivi des patients. L'importance d'évaluer systématiquement l'utilité clinique du NGS est essentielle pour déterminer dans quels contextes cliniques et de soins de santé WES sera utile et pour commencer la recherche sur ces considérations.
Type d'étude
Inscription (Réel)
Phase
- N'est pas applicable
Contacts et emplacements
Lieux d'étude
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California
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Fresno, California, États-Unis, 93701
- UCSF Fresno
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Oakland, California, États-Unis, 94609
- UCSF Benioff Children's Hospital Oakland
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San Francisco, California, États-Unis, 94110
- Zuckerberg San Francisco General Hospital
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San Francisco, California, États-Unis, 94158
- Benioff Children's Hospital Mission Bay
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Critères de participation
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
Accepte les volontaires sains
La description
Critère d'intégration:
- Présentant des caractéristiques cliniques évocatrices d'une étiologie génétique, y compris une déficience intellectuelle, des convulsions, des anomalies congénitales multiples, des troubles métaboliques et des troubles neurodégénératifs ou une paralysie cérébrale idiopathique.
- Un minimum d'un parent biologique est disponible et disposé à fournir un spécimen pour WES, avec une préférence pour deux parents disponibles. Au moins un parent consentant au WES de l'enfant.
4. Les patients pédiatriques doivent avoir eu au moins un rendez-vous ou une évaluation génétique préalable. 5. Les patients pédiatriques peuvent avoir eu un réseau de polymorphisme nucléotidique unique (SNP) ou un réseau d'oligonucléotides qui n'a pas fourni de diagnostic.
Critère d'exclusion:
- WES antérieur effectué pour une indication clinique ou de recherche
- Absence d'indication phénotypique d'une étiologie génétique sous-jacente probable
- Les deux parents biologiques ne sont pas disponibles.
Plan d'étude
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
- Objectif principal: Diagnostique
- Répartition: N / A
- Modèle interventionnel: Affectation à un seul groupe
- Masquage: Aucun (étiquette ouverte)
Armes et Interventions
Groupe de participants / Bras |
Intervention / Traitement |
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Expérimental: Séquençage de l'exome entier
Après le consentement et la collecte de données phénotypiques standardisées, les proposants et les parents biologiques subiront un WES avec une analyse des variantes effectuée à l'aide de listes de gènes primaires basées sur l'indication clinique de référence.
Après la fourniture des résultats et un suivi 6 à 12 mois plus tard, l'utilité clinique sera évaluée chez les personnes ayant un résultat positif (variante pathogène ou probablement pathogène) et celles ayant des résultats négatifs (aucune variante retournée ou VUS) en utilisant des résultats spécifiques à chaque site pour examiner l'efficacité pour l'enfant et la famille.
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Le séquençage de l'exome entier est une forme de séquençage de nouvelle génération permettant aux chercheurs d'évaluer les régions codantes de plusieurs milliers de gènes pour trouver des variantes impliquées dans la maladie.
Autres noms:
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Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Nombre de patients pédiatriques avec un résultat de séquençage de l'exome positif
Délai: À la fin de la collecte des données (visite de suivi à 6-12 mois après le retour des résultats)
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Nombre de patients pédiatriques avec un résultat de diagnostic parmi tous les patients chez qui l'exome a été réalisé. Un résultat de séquençage d'exome positif signifie l'identification d'un variant de gène pathogène ou probablement pathogène pour expliquer l'état de l'enfant. La définition de pédiatrie a été élargie pour inclure les participants de plus de 18 ans s'ils étaient suivis par le service de pédiatrie de l'UCSF s'ils étaient patients au service de pédiatrie avant l'âge de 18 ans. |
À la fin de la collecte des données (visite de suivi à 6-12 mois après le retour des résultats)
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Collaborateurs et enquêteurs
Parrainer
Collaborateurs
Les enquêteurs
- Chercheur principal: Mary Norton, MD, University of California, San Francisco
- Chercheur principal: Pui-Yan Kwok, MD/PhD, University of California, San Francisco
- Chercheur principal: Barbara Koenig, PhD, University of California, San Francisco
Publications et liens utiles
Publications générales
- Yang Y, Muzny DM, Reid JG, Bainbridge MN, Willis A, Ward PA, Braxton A, Beuten J, Xia F, Niu Z, Hardison M, Person R, Bekheirnia MR, Leduc MS, Kirby A, Pham P, Scull J, Wang M, Ding Y, Plon SE, Lupski JR, Beaudet AL, Gibbs RA, Eng CM. Clinical whole-exome sequencing for the diagnosis of mendelian disorders. N Engl J Med. 2013 Oct 17;369(16):1502-11. doi: 10.1056/NEJMoa1306555. Epub 2013 Oct 2.
- Slavotinek A. Clinical care models in the era of next-generation sequencing. Mol Genet Genomic Med. 2016 May 12;4(3):239-42. doi: 10.1002/mgg3.225. eCollection 2016 May. No abstract available.
- Rego S, Hoban H, Outram S, Zamora AN, Chen F, Sahin-Hodoglugil N, Anguiano B, Norstad M, Yip T, Lianoglou B, Sparks TN, Norton ME, Koenig BA, Slavotinek AM, Ackerman SL. Perspectives and preferences regarding genomic secondary findings in underrepresented prenatal and pediatric populations: A mixed-methods approach. Genet Med. 2022 Jun;24(6):1206-1216. doi: 10.1016/j.gim.2022.02.004. Epub 2022 Apr 8.
Dates d'enregistrement des études
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (Réel)
Achèvement primaire (Réel)
Achèvement de l'étude (Réel)
Dates d'inscription aux études
Première soumission
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
Première publication (Réel)
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Réel)
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
Dernière vérification
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Termes MeSH pertinents supplémentaires
- Les troubles mentaux
- Maladies du système nerveux central
- Maladies du système nerveux
- Manifestations neurologiques
- Manifestations neurocomportementales
- Lésions cérébrales chroniques
- Troubles neurodéveloppementaux
- Paralysie cérébrale
- Anomalies congénitales
- Maladies du cerveau
- Maladies neurodégénératives
- Maladies métaboliques
- Déficience intellectuelle
- Anomalies multiples
Autres numéros d'identification d'étude
- 1U01HG009599-01 (Subvention/contrat des NIH des États-Unis)
- U01HG009599 (Subvention/contrat des NIH des États-Unis)
Plan pour les données individuelles des participants (IPD)
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Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude
Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine
Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine
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