Klinická užitečnost pediatrického sekvenování celého Exome

Sekvenování nové generace (NGS) mění paradigma klinického genetického testování. Na rozdíl od vysoce zaměřených jednogenových testů umožňuje NGS zkoumat genové panely, exom a celý genom. Se širokou škálou molekulárních testů, které jsou nyní k dispozici, čelí objednávající lékaři hlavolamu výběru nejlepšího diagnostického nástroje pro pacienty s podezřením na genetické onemocnění. Testování jednoho genu je často nejvhodnější pro stavy s výraznými klinickými rysy a minimální heterogenitou lokusu. Testování genového panelu založené na NGS, které může být doplněno analýzou chromozomálních mikročipů (CMA) a dalšími pomocnými metodami, poskytuje komplexní a proveditelný přístup pro dobře zdokumentované, ale geneticky heterogenní poruchy. Sekvenování celého exomu (WES) a sekvenování celého genomu (WGS) mají tu výhodu, že umožňují paralelní dotazování většiny genů v lidském genomu. Pro některé je WES výhodnější než dříve používané metody kvůli vyššímu diagnostickému výtěžku, kratší době do diagnózy a zlepšené nákladové efektivitě.

Schopnost zkoumat exom otevírá nové příležitosti a nové výzvy. Například při aplikaci WES na nediagnostikované případy s nejasnými vzory dědičnosti musí být analyzovány všechny kódující oblasti známých genů. Současná omezení možností interpretace variant a klinické platnosti vyvolávají otázky o klinické užitečnosti WES buď jako samostatného diagnostického testu nebo jako diagnostického testu první volby. Mezi další výzvy patří poradenství před a po testu s náležitým a robustním informovaným souhlasem, nastavení a validace bioinformatické analýzy, interpretace a klasifikace variant, potřeba politik a protokolů týkajících se objevování a hlášení sekundárních nálezů, které nesouvisejí s aktuální indikací, požadavek pro validaci výsledků WES, zajištění souladu se standardy kontroly kvality, ukládání a dostupnost dat a problémy s úhradou.

Zavedení WES do pediatrické klinické péče o nedostatečně zastoupené populace vyvolává další problémy a úvahy o pokrytí plateb, přístupu a standardech péče. Kromě naprosté složitosti testu a jeho výsledků se lékaři a zdravotnické systémy musí zabývat řadou aspektů, včetně: pokrytí soukromým a veřejným pojištěním; jazykové a kulturní rozdíly a jejich důsledky pro genetické poradenství a vztahy mezi lékařem a pacientem; schopnost přístupu k následnému testování a klinické péči; a schopnost přístupu ke vhodné léčbě a službám. Tyto a další problémy ovlivní nejen rozhodování pacientů ohledně WES, ale také jejich potřeby po testu pro sledování pacienta. Důležitost systematického hodnocení klinické užitečnosti NGS je kritická pro určení, ve kterých klinických a zdravotních kontextech bude WES užitečná, a pro zahájení výzkumu těchto úvah.