Pediatric Whole Exome -sekvensoinnin kliininen hyöty

Seuraavan sukupolven sekvensointi (NGS) muuttaa kliinisen geneettisen testauksen paradigmaa. Toisin kuin erittäin fokusoidut yhden geenin testit, NGS mahdollistaa geenipaneelien, eksomin ja koko genomin tutkimisen. Nyt saatavilla olevien molekyylitestien laajan valikoiman ansiosta lääkärit kohtaavat ongelman valita paras diagnostinen työkalu potilaille, joilla epäillään geneettisiä sairauksia. Yhden geenin testaus on usein sopivin tiloihin, joissa on erityisiä kliinisiä piirteitä ja minimaalinen lokuksen heterogeenisyys. NGS-pohjainen geenipaneelitestaus, jota voidaan täydentää kromosomaalisella mikrosiruanalyysillä (CMA) ja muilla oheismenetelmillä, tarjoaa kattavan ja toteuttamiskelpoisen lähestymistavan hyvin dokumentoituihin, mutta geneettisesti heterogeenisiin sairauksiin. Koko eksomin sekvensoinnin (WES) ja koko genomin sekvensoinnin (WGS) etuna on, että se mahdollistaa useimpien ihmisen genomin geenien rinnakkaisen kyselyn. Joillekin WES on parempi kuin aiemmin käytettyjä menetelmiä paremman diagnostisen tuoton, lyhyemmän diagnoosiajan ja paremman kustannustehokkuuden vuoksi.

Kyky tutkia eksomia avaa sekä uusia mahdollisuuksia että uusia haasteita. Esimerkiksi kaikki tunnettujen geenien koodaavat alueet on analysoitava, kun WES:ää sovelletaan diagnosoimattomiin tapauksiin, joissa on epäselviä perintömalleja. Nykyiset rajoitukset muunnelmien tulkintamahdollisuuksille ja kliiniselle validiteetille herättävät kysymyksiä WES:n kliinisestä hyödyllisyydestä joko erillisenä tai ensisijaisena diagnostisena testinä. Muita haasteita ovat testiä edeltävä ja sen jälkeinen neuvonta asianmukaisella ja vankalla tietoon perustuvalla suostumuksella, bioinformatiikan analyysin asennus ja validointi, muunnelmien tulkinta ja luokittelu, käytäntöjen ja protokollien tarve, jotka koskevat esitettävään käyttöaiheeseen liittymättömien toissijaisten löydösten löytämistä ja raportoimista. WES-tulosten validointi, laadunvalvontastandardien noudattamisen varmistaminen, tietojen tallennus ja saatavuus sekä korvauskysymykset.

WES:n tuominen aliedustettujen väestöryhmien lasten kliiniseen hoitoon herättää lisäkysymyksiä ja näkökohtia maksujen kattavuudesta, saatavuudesta ja hoitostandardeista. Testin ja sen tulosten monimutkaisuuden lisäksi lääkäreiden ja terveydenhuoltojärjestelmien on otettava huomioon useita näkökohtia, mukaan lukien: yksityinen ja julkinen vakuutus; kieli- ja kulttuurierot ja niiden vaikutukset geneettiseen neuvontaan ja lääkärin ja potilaan välisiin suhteisiin; mahdollisuus päästä seurantatesteihin ja kliiniseen hoitoon; ja mahdollisuus saada asianmukaista hoitoa ja palveluita. Nämä ja muut asiat eivät vaikuta vain potilaiden WES-päätöksentekoon, vaan myös heidän potilaan seurantatarpeisiinsa testin jälkeen. NGS:n kliinisen hyödyn systemaattisen arvioinnin tärkeys on ratkaisevan tärkeää määritettäessä, missä kliinisissä ja terveydenhuollon konteksteissa WES on hyödyllinen, ja aloitettaessa näitä näkökohtia koskeva tutkimus.