Клиническая польза педиатрического секвенирования полного экзома

Секвенирование следующего поколения (NGS) меняет парадигму клинического генетического тестирования. В отличие от узконаправленных тестов с одним геном, NGS позволяет исследовать генные панели, экзом и весь геном. Теперь, когда доступен широкий спектр молекулярных тестов, врачи сталкиваются с проблемой выбора лучшего диагностического инструмента для пациентов с подозрением на генетические заболевания. Тестирование одного гена часто наиболее подходит для состояний с отличительными клиническими особенностями и минимальной гетерогенностью локуса. Тестирование генной панели на основе NGS, которое может быть дополнено анализом хромосомных микрочипов (CMA) и другими вспомогательными методами, обеспечивает комплексный и осуществимый подход к хорошо задокументированным, но генетически гетерогенным нарушениям. Секвенирование всего экзома (WES) и секвенирование всего генома (WGS) имеют то преимущество, что позволяют проводить параллельный опрос большинства генов в геноме человека. Для некоторых WES предпочтительнее ранее использовавшихся методов из-за более высокой диагностической ценности, более короткого времени постановки диагноза и более высокой экономической эффективности.

Возможность исследовать экзом открывает как новые возможности, так и новые задачи. Например, все кодирующие области известных генов должны быть проанализированы при применении WES к невыявленным случаям с неясными моделями наследования. Текущие ограничения возможностей интерпретации вариантов и клинической достоверности поднимают вопросы о клинической полезности WES как самостоятельного или диагностического теста первого выбора. Дополнительные проблемы включают до- и послетестовое консультирование с надлежащим и надежным информированным согласием, настройку и проверку биоинформатического анализа, интерпретацию и классификацию вариантов, необходимость политики и протоколов, касающихся обнаружения и сообщения вторичных результатов, не связанных с представленным показанием, требование для проверки результатов WES, обеспечения соответствия стандартам контроля качества, хранения и доступности данных, а также вопросов возмещения расходов.

Внедрение WES в педиатрическую клиническую помощь недостаточно представленным группам населения поднимает дополнительные вопросы и соображения, связанные с покрытием оплаты, доступностью и стандартами помощи. Помимо явной сложности теста и его результатов, клиницисты и системы здравоохранения должны учитывать множество соображений, в том числе: частное и государственное страховое покрытие; языковые и культурные различия и их значение для генетического консультирования и взаимоотношений врача и пациента; возможность доступа к последующему тестированию и клинической помощи; и возможность доступа к соответствующему лечению и услугам. Эти и другие вопросы повлияют не только на принятие пациентами решений относительно WES, но и на их потребности в послетестовом наблюдении за пациентами. Важность систематической оценки клинической полезности NGS имеет решающее значение для определения того, в каких клинических и медицинских контекстах WES будет полезен, и для начала исследований по этим соображениям.