Marqueurs de dysbiose pulmonaire associée à une exacerbation chez les patients suivis pour la mucoviscidose (DYSBIOSE-CF)

Les avancées thérapeutiques et l'organisation des soins au sein du « CRCM » ont permis une amélioration globale de la prise en charge de la mucoviscidose. Les thérapies protéiques qui ont marqué cette progression ne ciblent que certains gènes et concernent un petit nombre de patients. La morbidité, la mortalité et le coût social de la mucoviscidose sont encore considérables. Les exacerbations modulent le pronostic de la maladie.

Nous nous intéressons à la dysbiose, qui est l'association d'un déséquilibre dans la composition et les fonctions des communautés microbiennes du complexe commensal et une altération de la réponse immunitaire de l'hôte. Il est impliqué dans le développement de pathologies pulmonaires chroniques telles que la mucoviscidose. Le microbiote pulmonaire et les réponses de l'hôte s'influencent mutuellement, et les preuves suggèrent que les changements dans les interactions microbiote-hôte jouent un rôle majeur dans l'évolution des maladies respiratoires chroniques. La réponse de l'hôte peut être partiellement mesurée par des marqueurs protéiques de l'inflammation ou des métabolites régulant l'inflammation (métabolites du tryptophane).

La plupart des études sur le microbiome se concentrent sur le microbiote bactérien, tandis que d'autres micro-organismes tels que les champignons et les virus représentent un cofacteur important dans la dégradation de la fonction respiratoire. La dysbiose virale joue probablement un rôle dans l'apparition de l'exacerbation.

Parmi les quelques études intégrant le risque fongique, très peu se sont penchées sur le rôle de Pneumocystis jirovecii (PCJ). Cette espèce non cultivable a été retrouvée chez 12,5 % des patients atteints de mucoviscidose et éventuellement associée à des exacerbations. Nous suivrons de manière prospective une cohorte de patients atteints de mucoviscidose en recueillant des données cliniques et microbiologiques sur différents prélèvements (condensat d'air expiré (CAE), crachats et sérum) sur une base trimestrielle et lors d'épisodes d'exacerbations.

Notre projet permettra de vérifier l'hypothèse d'une corrélation entre le microbiote, l'inflammation, et la production de métabolites régulant l'inflammation (dysbiose), mais également de déterminer quel est le processus biologique initial conduisant à l'exacerbation : dysbiose induite par variation du microbiote ou dysbiose induite par la modification des systèmes de défense de l'hôte. De plus, contrairement aux études dans ce domaine, nous nous intéresserons au microbiote bactérien, viral et fongique.