Dépistage des mutations génétiques dans les cancers myéloïdes par séquençage de nouvelle génération pour améliorer les résultats du traitement

Les mutations génétiques sont étroitement liées à la pathogenèse et au pronostic des cancers myéloïdes (y compris la leucémie myéloïde aiguë, les syndromes myélodysplasiques et les néoplasmes myéloprolifératifs). Ces dernières années, un certain nombre de nouveaux agents thérapeutiques ciblant diverses mutations génétiques ont été développés. Par exemple, il a été démontré que les patients porteurs des mutations FLT3-ITD et IDH2 tirent des bénéfices de la midostaurine et de l'énasidénib, respectivement. De plus, les patients mutés TP53, autrefois classés dans le groupe à très haut risque, se sont révélés répondre favorablement à l'agent hypométhylant, la décitabine. De nos jours, la détection d'un large éventail de mutations cancéreuses par la méthode Sanger traditionnelle est devenue non seulement chronophage, mais aussi moins rentable. Avec l'avènement du séquençage de nouvelle génération (NGS), nous sommes désormais en mesure de détecter les mutations d'un gène de panel plus rapidement, avec plus de précision et de manière économique.

Dans cette étude, les chercheurs dépisteront et analyseront les mutations géniques associées à la myéloïde chez les participants atteints de cancers myéloïdes, avec un panel NGS ciblé conçu en interne. L'acide nucléique total des échantillons de sang ou de moelle osseuse des patients sera extrait, puis soumis à la procédure de préparation de la bibliothèque basée sur l'amplification par PCR multiplex. Le séquençage sera effectué sur le séquenceur Illumina MiSeq et les résultats seront analysés à l'aide de notre flux de travail bioinformatique développé en interne. En bref, les lectures séquencées seront alignées sur le génome de référence humain hg19 avec BWA-mem et les mutations somatiques appelées avec Mutect2. Les variantes seront annotées via SnpEff avec les bases de données RefSeq, dbSNP, 1000 Genome Project, COSMIC et ClinVar. Les chercheurs visent à construire les paysages mutationnels des cancers myéloïdes mentionnés ci-dessus et à étudier comment ces mutations sont liées aux résultats cliniques.