Скрининг генных мутаций при миелоидном раке с помощью секвенирования следующего поколения для улучшения результатов лечения

Генетические мутации тесно связаны с патогенезом и прогнозированием миелоидного рака (включая острый миелоидный лейкоз, миелодиспластические синдромы и миелопролиферативные новообразования). В последние годы был разработан ряд новых терапевтических агентов, нацеленных на различные генетические мутации. Например, было показано, что пациенты с мутациями FLT3-ITD и IDH2 получают пользу от мидостаурина и энасидениба соответственно. Кроме того, было обнаружено, что пациенты с мутацией TP53, когда-то отнесенные к группе очень высокого риска, положительно реагируют на гипометилирующий агент, децитабин. Обнаружение широкого спектра раковых мутаций в настоящее время с помощью традиционного метода Сэнгера стало не только трудоемким, но и менее эффективным с точки зрения затрат. С появлением секвенирования следующего поколения (NGS) мы теперь можем обнаруживать мутации генов панели более быстро, точно и экономично.

В этом исследовании исследователи проведут скрининг и анализ связанных с миелоидом генных мутаций у участников с миелоидным раком с помощью собственной целевой панели NGS. Суммарная нуклеиновая кислота из образцов крови или костного мозга пациентов будет извлечена, а затем подвергнута процедуре подготовки библиотеки на основе мультиплексной ПЦР-амплификации. Секвенирование будет выполняться на секвенаторе Illumina MiSeq, а результаты будут проанализированы с использованием нашего собственного биоинформатического рабочего процесса. Вкратце, секвенированные чтения будут сопоставлены с эталонным геномом человека hg19 с помощью BWA-mem и соматическими мутациями, вызванными с помощью Mutect2. Варианты будут аннотированы через SnpEff с базами данных RefSeq, dbSNP, 1000 Genome Project, COSMIC и ClinVar. Исследователи стремятся создать мутационный ландшафт вышеупомянутых миелоидных раков и выяснить, как эти мутации связаны с клиническим исходом.