A mieloid rák génmutációinak szűrése következő generációs szekvenálás segítségével a kezelési eredmények javítása érdekében

A genetikai mutációk szorosan kapcsolódnak a mieloid rákok (beleértve az akut mieloid leukémiát, a myelodysplasiás szindrómákat és a mieloproliferatív daganatokat) patogeneziséhez és prognózisához. Az elmúlt években számos új terápiás szert fejlesztettek ki, amelyek különböző genetikai mutációkat céloznak meg. Például kimutatták, hogy az FLT3-ITD és IDH2 mutációban szenvedő betegeknél előnyös a midostaurin, illetve az enasidenib. Ezenkívül a TP53-mutációval rendelkező betegek, akiket egykor a nagyon magas kockázatú csoportba soroltak, kedvezően reagáltak a hipometilező szerre, a decitabinra. A rákos mutációk széles skálájának kimutatása manapság a hagyományos Sanger-módszerrel nemcsak időigényes, de nem is olyan költséghatékony. A következő generációs szekvenálás (NGS) megjelenésével gyorsabban, pontosabban és gazdaságosabban tudjuk kimutatni a panel génmutációit.

Ebben a tanulmányban a kutatók egy házon belül tervezett, célzott NGS-panel segítségével szűrik és elemzik a mieloid eredetű génmutációkat mieloid rákban szenvedő résztvevőkben. A betegek vér- vagy csontvelőmintáiból a teljes nukleinsavat kivonják, majd a multiplex PCR-amplifikáción alapuló könyvtár-előkészítési eljárásnak vetik alá. A szekvenálást Illumina MiSeq szekvenszeren végezzük, az eredményeket pedig a saját fejlesztésű bioinformatikai munkafolyamatunk segítségével elemezzük. Röviden, a szekvenált leolvasásokat a hg19 humán referenciagenomhoz igazítják a BWA-mem-mel, és a szomatikus mutációkat a Mutect2-vel. A változatok az SnpEff-en keresztül lesznek ellátva RefSeq, dbSNP, 1000 Genome Project, COSMIC és ClinVar adatbázisokkal. A kutatók célja, hogy felállítsák a fent említett mieloid rákos megbetegedések mutációs tájait, és megvizsgálják, hogyan kapcsolódnak ezek a mutációk a klinikai kimenetelhez.