Screening delle mutazioni geniche nei tumori mieloidi mediante sequenziamento di nuova generazione per migliorare i risultati del trattamento

Le mutazioni genetiche sono strettamente legate alla patogenesi e alla prognosi dei tumori mieloidi (tra cui leucemia mieloide acuta, sindromi mielodisplastiche e neoplasie mieloproliferative). Negli ultimi anni sono stati sviluppati numerosi nuovi agenti terapeutici mirati a varie mutazioni genetiche. Ad esempio, è stato dimostrato che i pazienti con mutazioni FLT3-ITD e IDH2 traggono benefici rispettivamente da midostaurina ed enasidenib. Inoltre, è stato riscontrato che i pazienti con mutazione TP53, una volta classificati nel gruppo ad altissimo rischio, rispondono favorevolmente all'agente ipometilante, la decitabina. Rilevare una vasta gamma di mutazioni tumorali al giorno d'oggi con il tradizionale metodo Sanger è diventato non solo dispendioso in termini di tempo, ma anche non altrettanto conveniente. Con l'avvento del sequenziamento di nuova generazione (NGS), ora siamo in grado di rilevare le mutazioni geniche di un pannello in modo più rapido, accurato ed economico.

In questo studio, i ricercatori esamineranno e analizzeranno le mutazioni geniche associate alla mieloide nei partecipanti con tumori mieloidi, con un pannello NGS mirato progettato internamente. L'acido nucleico totale dai campioni di sangue o midollo osseo dei pazienti sarà estratto e quindi sottoposto alla procedura di preparazione della libreria basata sull'amplificazione PCR multiplex. Il sequenziamento verrà eseguito sul sequenziatore Illumina MiSeq e i risultati verranno analizzati utilizzando il nostro flusso di lavoro bioinformatico sviluppato internamente. In breve, le letture sequenziate saranno allineate al genoma di riferimento umano hg19 con BWA-mem e mutazioni somatiche chiamate con Mutect2. Le varianti saranno annotate tramite SnpEff con i database RefSeq, dbSNP, 1000 Genome Project, COSMIC e ClinVar. I ricercatori mirano a costruire i paesaggi mutazionali dei suddetti tumori mieloidi e indagare su come queste mutazioni sono collegate all'esito clinico.