Screening af genmutationer i myeloid kræft ved næste generations sekvensering for at forbedre behandlingsresultater

Genetiske mutationer er tæt forbundet med patogenesen og prognosen for myeloid cancer (herunder akut myeloid leukæmi, myelodysplastiske syndromer og myeloproliferative neoplasmer). I de senere år er en række nye terapeutiske midler rettet mod forskellige genetiske mutationer blevet udviklet. For eksempel har patienter med FLT3-ITD og IDH2 mutationer vist sig at drage fordele af henholdsvis midostaurin og enasidenib. Desuden har de TP53-muterede patienter, når de først er kategoriseret i den meget højrisikogruppe, vist sig at reagere positivt på det hypomethylerende middel, decitabin. At opdage en bred vifte af kræftmutationer i dag ved den traditionelle Sanger-metode er blevet ikke kun tidskrævende, men heller ikke så omkostningseffektivt. Med fremkomsten af ​​næste generations sekventering (NGS) er vi nu i stand til at detektere et panel genmutationer hurtigere, præcist og økonomisk.

I denne undersøgelse vil efterforskerne screene og analysere myeloid-associerede genmutationer hos deltagere med myeloid cancer, med et internt designet målrettet NGS-panel. Den samlede nukleinsyre fra patienters blod- eller knoglemarvsprøver vil blive ekstraheret og derefter udsat for bibliotekets forberedelsesprocedure baseret på multipleks PCR-amplifikation. Sekventering vil blive udført på Illumina MiSeq sequencer, og resultaterne vil blive analyseret ved hjælp af vores egenudviklede bioinformatiske workflow. Kort fortalt vil de sekventerede læsninger blive justeret til humant referencegenom hg19 med BWA-mem og somatiske mutationer kaldet med Mutect2. Varianterne vil blive kommenteret via SnpEff med RefSeq, dbSNP, 1000 Genome Project, COSMIC og ClinVar databaser. Efterforskerne sigter mod at opbygge mutationslandskaberne for de ovennævnte myeloide kræftformer og undersøge, hvordan disse mutationer er forbundet med kliniske resultater.