Triagem de mutações genéticas em cânceres mielóides por sequenciamento de próxima geração para melhorar os resultados do tratamento

Mutações genéticas estão intimamente ligadas à patogênese e prognóstico de cânceres mielóides (incluindo leucemia mielóide aguda, síndromes mielodisplásicas e neoplasias mieloproliferativas). Nos últimos anos, vários novos agentes terapêuticos direcionados a várias mutações genéticas foram desenvolvidos. Por exemplo, foi demonstrado que pacientes com mutações FLT3-ITD e IDH2 obtêm benefícios de midostaurina e enasidenibe, respectivamente. Além disso, descobriu-se que os pacientes com mutação TP53, uma vez categorizados no grupo de risco muito alto, respondem favoravelmente ao agente hipometilante, decitabina. Atualmente, a detecção de uma ampla gama de mutações de câncer pelo método tradicional de Sanger tornou-se não apenas demorada, mas também não tão econômica. Com o advento do sequenciamento de próxima geração (NGS), agora somos capazes de detectar um painel de mutações genéticas com mais rapidez, precisão e economia.

Neste estudo, os investigadores irão rastrear e analisar mutações genéticas associadas a mielóides em participantes com cânceres mielóides, com um painel NGS direcionado projetado internamente. O ácido nucleico total das amostras de sangue ou medula óssea dos pacientes será extraído e, em seguida, submetido ao procedimento de preparação da biblioteca com base na amplificação por PCR multiplex. O sequenciamento será realizado no sequenciador Illumina MiSeq e os resultados serão analisados ​​usando nosso fluxo de trabalho bioinformático desenvolvido internamente. Resumidamente, as leituras sequenciadas serão alinhadas ao genoma de referência humano hg19 com BWA-mem e mutações somáticas chamadas com Mutect2. As variantes serão anotadas via SnpEff com bancos de dados RefSeq, dbSNP, 1000 Genome Project, COSMIC e ClinVar. Os investigadores pretendem construir as paisagens mutacionais dos cânceres mieloides mencionados acima e investigar como essas mutações estão ligadas ao resultado clínico.