通过下一代测序筛选骨髓癌基因突变以改善治疗结果

基因突变与骨髓癌（包括急性髓性白血病、骨髓增生异常综合征和骨髓增生性肿瘤）的发病机制和预后密切相关。 近年来，已经开发了许多针对各种基因突变的新型治疗药物。 例如，具有 FLT3-ITD 和 IDH2 突变的患者已被证明分别从米哚妥林和 enasidenib 中获益。 此外，TP53 突变患者一旦被归类为极高风险组，已被发现对低甲基化剂地西他滨反应良好。 如今，通过传统的 Sanger 方法检测多种癌症突变不仅耗时而且成本效益不高。 随着下一代测序 (NGS) 的出现，我们现在能够更快速、准确和经济地检测 panel 基因突变。

在这项研究中，研究人员将使用内部设计的靶向 NGS panel 筛选和分析骨髓癌参与者的骨髓相关基因突变。 从患者的血液或骨髓标本中提取总核酸，然后进行基于多重 PCR 扩增的文库制备程序。 测序将在 Illumina MiSeq 测序仪上进行，结果将使用我们内部开发的生物信息学工作流程进行分析。 简而言之，测序读数将与使用 BWA-mem 的人类参考基因组 hg19 以及使用 Mutect2 调用的体细胞突变进行比对。 这些变体将通过 SnpEff 与 RefSeq、dbSNP、1000 Genome Project、COSMIC 和 ClinVar 数据库进行注释。 研究人员旨在建立上述骨髓癌的突变图谱，并研究这些突变如何与临床结果相关联。