Screening von Genmutationen bei myeloischen Krebsarten durch Sequenzierung der nächsten Generation zur Verbesserung der Behandlungsergebnisse

Genetische Mutationen sind eng mit der Pathogenese und Prognose von myeloischen Krebsarten (einschließlich akuter myeloischer Leukämie, myelodysplastischen Syndromen und myeloproliferativen Neoplasmen) verbunden. In den letzten Jahren wurde eine Reihe neuer Therapeutika entwickelt, die auf verschiedene genetische Mutationen abzielen. Beispielsweise wurde gezeigt, dass Patienten mit FLT3-ITD- und IDH2-Mutationen von Midostaurin bzw. Enasidenib profitieren. Darüber hinaus wurde festgestellt, dass Patienten mit TP53-Mutation, die einst in die Gruppe mit sehr hohem Risiko eingestuft wurden, günstig auf das hypomethylierende Mittel Decitabin ansprechen. Heutzutage ist der Nachweis einer Vielzahl von Krebsmutationen mit der traditionellen Sanger-Methode nicht nur zeitaufwändig, sondern auch nicht mehr so ​​kosteneffektiv. Mit dem Aufkommen der Sequenzierung der nächsten Generation (NGS) sind wir jetzt in der Lage, eine Reihe von Genmutationen schneller, genauer und kostengünstiger nachzuweisen.

In dieser Studie werden die Forscher myeloische Genmutationen bei Teilnehmern mit myeloischem Krebs mit einem intern entwickelten gezielten NGS-Panel screenen und analysieren. Die gesamte Nukleinsäure aus den Blut- oder Knochenmarksproben der Patienten wird extrahiert und dann dem auf Multiplex-PCR-Amplifikation basierenden Bibliotheksvorbereitungsverfahren unterzogen. Die Sequenzierung wird auf dem Illumina MiSeq-Sequenzer durchgeführt, und die Ergebnisse werden mit unserem intern entwickelten bioinformatischen Arbeitsablauf analysiert. Kurz gesagt, die sequenzierten Reads werden mit BWA-mem auf das menschliche Referenzgenom hg19 und mit Mutect2 auf somatische Mutationen ausgerichtet. Die Varianten werden über SnpEff mit den Datenbanken RefSeq, dbSNP, 1000 Genome Project, COSMIC und ClinVar annotiert. Die Forscher zielen darauf ab, die Mutationslandschaften der oben genannten myeloischen Krebsarten aufzubauen und zu untersuchen, wie diese Mutationen mit dem klinischen Ergebnis zusammenhängen.