Detección de mutaciones genéticas en cánceres mieloides mediante secuenciación de próxima generación para mejorar los resultados del tratamiento

Las mutaciones genéticas se han relacionado estrechamente con la patogenia y el pronóstico de los cánceres mieloides (incluida la leucemia mieloide aguda, los síndromes mielodisplásicos y las neoplasias mieloproliferativas). En los últimos años, se han desarrollado varios agentes terapéuticos novedosos dirigidos a diversas mutaciones genéticas. Por ejemplo, se ha demostrado que los pacientes con mutaciones en FLT3-ITD e IDH2 obtienen beneficios de la midostaurina y el enasidenib, respectivamente. Además, se ha descubierto que los pacientes con mutaciones en TP53 que alguna vez fueron clasificados en el grupo de muy alto riesgo responden favorablemente al agente hipometilante, decitabina. La detección de una amplia gama de mutaciones del cáncer en la actualidad mediante el método tradicional de Sanger se ha convertido no solo en un proceso lento sino también menos rentable. Con el advenimiento de la secuenciación de próxima generación (NGS), ahora podemos detectar un panel de mutaciones genéticas de manera más rápida, precisa y económica.

En este estudio, los investigadores evaluarán y analizarán las mutaciones genéticas asociadas con mieloides en participantes con cánceres mieloides, con un panel NGS específico diseñado internamente. El ácido nucleico total de las muestras de sangre o médula ósea de los pacientes se extraerá y luego se someterá al procedimiento de preparación de la biblioteca basado en la amplificación por PCR multiplex. La secuenciación se realizará en el secuenciador Illumina MiSeq y los resultados se analizarán utilizando nuestro flujo de trabajo bioinformático desarrollado internamente. Brevemente, las lecturas secuenciadas se alinearán con el genoma de referencia humano hg19 con BWA-mem y las mutaciones somáticas llamadas con Mutect2. Las variantes se anotarán a través de SnpEff con las bases de datos RefSeq, dbSNP, 1000 Genome Project, COSMIC y ClinVar. Los investigadores tienen como objetivo construir los paisajes mutacionales de los cánceres mieloides mencionados anteriormente e investigar cómo estas mutaciones están relacionadas con el resultado clínico.