Screening av genmutationer i myeloidcancer genom nästa generations sekvensering för att förbättra behandlingsresultat

Genetiska mutationer har nära kopplat till patogenesen och prognosticeringen av myeloid cancer (inklusive akut myeloisk leukemi, myelodysplastiska syndrom och myeloproliferativa neoplasmer). Under senare år har ett antal nya terapeutiska medel som riktar sig mot olika genetiska mutationer utvecklats. Till exempel har patienter med FLT3-ITD- och IDH2-mutationer visat sig dra fördelar av midostaurin respektive enasidenib. Vidare har de TP53-muterade patienterna, som en gång kategoriserats i gruppen med mycket hög risk, visat sig svara positivt på det hypometylerande medlet decitabin. Att upptäcka ett brett spektrum av cancermutationer nuförtiden med den traditionella Sanger-metoden har inte bara blivit tidskrävande utan inte heller lika kostnadseffektivt. Med tillkomsten av nästa generations sekvensering (NGS) kan vi nu upptäcka genmutationer i en panel snabbare, mer exakt och ekonomiskt.

I denna studie kommer utredarna att screena och analysera myeloida associerade genmutationer hos deltagare med myeloida cancer, med en egendesignad riktad NGS-panel. Den totala nukleinsyran från patienternas blod- eller benmärgsprov kommer att extraheras och sedan utsättas för biblioteksberedningsproceduren baserad på multiplex PCR-amplifiering. Sekvensering kommer att utföras på Illumina MiSeq sequencer, och resultaten kommer att analyseras med hjälp av vårt egenutvecklade bioinformatiska arbetsflöde. Kortfattat kommer de sekvenserade läsningarna att anpassas till humant referensgenom hg19 med BWA-mem, och somatiska mutationer kallas med Mutect2. Varianterna kommer att kommenteras via SnpEff med databaser RefSeq, dbSNP, 1000 Genome Project, COSMIC och ClinVar. Utredarna syftar till att bygga upp mutationslandskapen för ovan nämnda myeloidcancer och undersöka hur dessa mutationer är kopplade till kliniskt utfall.