Badania przesiewowe mutacji genów w nowotworach szpikowych za pomocą sekwencjonowania nowej generacji w celu poprawy wyników leczenia

Mutacje genetyczne są ściśle powiązane z patogenezą i rokowaniem raków szpikowych (w tym ostrej białaczki szpikowej, zespołów mielodysplastycznych i nowotworów mieloproliferacyjnych). W ostatnich latach opracowano szereg nowych środków terapeutycznych ukierunkowanych na różne mutacje genetyczne. Na przykład wykazano, że pacjenci z mutacjami FLT3-ITD i IDH2 czerpią korzyści odpowiednio z midostauryny i enasydenibu. Ponadto stwierdzono, że pacjenci z mutacją TP53, kiedyś zaliczeni do grupy bardzo wysokiego ryzyka, pozytywnie reagują na czynnik hipometylujący, decytabinę. Wykrywanie szerokiej gamy mutacji nowotworowych w dzisiejszych czasach tradycyjną metodą Sangera stało się nie tylko czasochłonne, ale także mniej opłacalne. Wraz z pojawieniem się sekwencjonowania nowej generacji (NGS) jesteśmy teraz w stanie wykryć mutacje genów panelowych szybciej, dokładniej i ekonomiczniej.

W tym badaniu badacze będą przeprowadzać badania przesiewowe i analizować mutacje genów związanych z szpikiem u uczestników z rakiem szpiku, za pomocą zaprojektowanego wewnętrznie ukierunkowanego panelu NGS. Całkowity kwas nukleinowy z próbek krwi lub szpiku kostnego pacjentów zostanie wyekstrahowany, a następnie poddany procedurze przygotowania biblioteki opartej na multipleksowej amplifikacji PCR. Sekwencjonowanie zostanie przeprowadzone na sekwencerze Illumina MiSeq, a wyniki zostaną przeanalizowane przy użyciu opracowanego przez nas bioinformatycznego przepływu pracy. W skrócie, zsekwencjonowane odczyty zostaną dopasowane do ludzkiego genomu referencyjnego hg19 za pomocą BWA-mem i mutacji somatycznych o nazwie Mutect2. Warianty zostaną opatrzone adnotacjami za pośrednictwem SnpEff z bazami danych RefSeq, dbSNP, 1000 Genome Project, COSMIC i ClinVar. Badacze mają na celu zbudowanie krajobrazów mutacyjnych wyżej wymienionych raków szpikowych i zbadanie, w jaki sposób te mutacje są powiązane z wynikami klinicznymi.