Geenimutaatioiden seulonta myelooisissa syövissä seuraavan sukupolven sekvensoinnilla hoitotulosten parantamiseksi

Geneettiset mutaatiot ovat läheisesti yhteydessä myeloidisten syöpien (mukaan lukien akuutti myelooinen leukemia, myelodysplastiset oireyhtymät ja myeloproliferatiiviset kasvaimet) patogeneesiin ja ennustamiseen. Viime vuosina on kehitetty useita uusia terapeuttisia aineita, jotka kohdistuvat erilaisiin geneettisiin mutaatioihin. Esimerkiksi potilaiden, joilla on FLT3-ITD- ja IDH2-mutaatiot, on osoitettu hyötyvän vastaavasti midostauriinista ja enasidenibistä. Lisäksi TP53-mutatoituneiden potilaiden, jotka kerran luokiteltiin erittäin suuren riskin ryhmään, on havaittu reagoivan suotuisasti hypometyloivaan aineeseen, desitabiiniin. Monien syöpämutaatioiden havaitsemisesta perinteisellä Sanger-menetelmällä on nykyään tullut paitsi aikaa vievää, myös ei niin kustannustehokasta. Seuraavan sukupolven sekvensoinnin (NGS) myötä pystymme nyt havaitsemaan paneeligeenimutaatioita nopeammin, tarkemmin ja taloudellisemmin.

Tässä tutkimuksessa tutkijat seulovat ja analysoivat myeloideihin liittyviä geenimutaatioita osallistujilla, joilla on myelooinen syöpä, talon sisäisellä kohdistetulla NGS-paneelilla. Potilaiden veri- tai luuydinnäytteistä otettu kokonaisnukleiinihappo uutetaan, ja sitten sille suoritetaan moninkertaiseen PCR-monistukseen perustuva kirjaston valmistusmenettely. Sekvensointi suoritetaan Illumina MiSeq -sekvensserillä, ja tulokset analysoidaan käyttämällä itse kehitettyä bioinformaattista työnkulkuamme. Lyhyesti sanottuna sekvensoidut lukemat kohdistetaan ihmisen referenssigenomiin hg19 BWA-memillä ja somaattisiin mutaatioihin, joita kutsutaan Mutect2:lla. Variantit merkitään SnpEff:n kautta RefSeq-, dbSNP-, 1000 Genome Project-, COSMIC- ja ClinVar-tietokannoilla. Tutkijat pyrkivät rakentamaan edellä mainittujen myelooisten syöpien mutaatiomaisemia ja tutkimaan, miten nämä mutaatiot liittyvät kliinisiin tuloksiin.