Screening av genmutasjoner i myeloide kreft ved neste generasjons sekvensering for å forbedre behandlingsresultater

Genetiske mutasjoner er nært knyttet til patogenesen og prognosen for myeloide kreftformer (inkludert akutt myeloide leukemi, myelodysplastiske syndromer og myeloproliferative neoplasmer). I løpet av de siste årene har en rekke nye terapeutiske midler rettet mot ulike genetiske mutasjoner blitt utviklet. For eksempel har pasienter med FLT3-ITD- og IDH2-mutasjoner vist seg å ha fordeler av henholdsvis midostaurin og enasidenib. Videre har de TP53-muterte pasientene en gang kategorisert i gruppen med svært høy risiko vist seg å reagere positivt på det hypometylerende middelet decitabin. Å oppdage et bredt spekter av kreftmutasjoner i dag ved hjelp av den tradisjonelle Sanger-metoden har ikke bare blitt tidkrevende, men heller ikke like kostnadseffektivt. Med bruken av neste generasjons sekvensering (NGS), er vi nå i stand til å oppdage et panel-genmutasjoner raskere, mer nøyaktig og økonomisk.

I denne studien vil etterforskerne screene og analysere myeloide-assosierte genmutasjoner hos deltakere med myeloide kreftformer, med et internt designet målrettet NGS-panel. Den totale nukleinsyren fra pasientens blod- eller benmargsprøver vil bli ekstrahert og deretter underkastet bibliotekets forberedelsesprosedyre basert på multipleks PCR-amplifikasjon. Sekvensering vil bli utført på Illumina MiSeq sequencer, og resultatene vil bli analysert ved hjelp av vår egenutviklede bioinformatiske arbeidsflyt. Kort fortalt vil de sekvenserte avlesningene bli justert til humant referansegenom hg19 med BWA-mem, og somatiske mutasjoner kalt med Mutect2. Variantene vil bli kommentert via SnpEff med RefSeq, dbSNP, 1000 Genome Project, COSMIC og ClinVar databaser. Etterforskerne tar sikte på å bygge opp mutasjonslandskapet til de ovenfor nevnte myeloidkreftene, og undersøke hvordan disse mutasjonene er knyttet til klinisk utfall.