Diagnostic des infections des voies respiratoires inférieures à l'aide de Biofire Filmarray

Les infections respiratoires aiguës (IRA) sont une cause majeure de morbidité et de mortalité dans le monde. Bien que généralement plus sévère chez les enfants, les personnes âgées et les patients immunodéprimés, toutes les populations et tous les groupes d'âge sont sensibles.

Les infections des voies respiratoires inférieures sont la troisième cause de décès dans le monde et près de deux millions de décès d'enfants dans le monde sont attribuables aux IRA, la grande majorité survenant dans les pays en développement. L'Organisation mondiale de la santé estime qu'en 2013, plus de 8 % de tous les décès dans région méditerranéenne étaient attribuables aux IRA. Cependant, les données régionales sur la morbidité et l'étiologie de ces infections font défaut.

Ces infections ont un impact significatif sur les prescriptions d'antimicrobiens, les hospitalisations et les absences au travail et à l'école. Les agents les plus fréquemment responsables des IRA sont les virus respiratoires suivis des bactéries . Un traitement empirique avec des antibiotiques est fréquemment initié même lorsque l'infection virale est une forte possibilité, conduisant à une utilisation inutile d'antibiotiques . Le diagnostic précoce de l'agent pathogène est bénéfique pour la sélection précise des médicaments, ce qui peut largement éviter la surutilisation voire l'abus des antibiotiques et améliorer la prise en charge clinique des patients. Plus important encore, le diagnostic précoce des agents pathogènes contagieux, tels que Bordetella pertussis (B. pertussis) et les virus de la grippe, peuvent permettre un isolement précoce des patients, réduisant ainsi la propagation des agents pathogènes.

À l'heure actuelle, les méthodes de détection de routine des pathogènes respiratoires sont principalement basées sur des méthodes immunologiques.

Le diagnostic direct des virus respiratoires par détection d'antigènes à l'aide de tests d'immunofluorescence (IFA), est toujours utilisé mais est généralement limité à huit virus (adénovirus [AdV], influenza A [FluA], influenza B [FluB], parainfluenza [PIV], métapneumovirus humain [HMPV] et virus respiratoire syncytial [VRS]) et peut manquer de sensibilité en fonction du titre viral, de l'âge du patient et de l'heure du test par rapport à l'apparition des symptômes .

Les méthodes moléculaires telles que la réaction en chaîne par polymérase (PCR) augmentent la détection virale en raison d'une plus grande sensibilité analytique par rapport aux méthodes conventionnelles telles que la détection d'antigène et/ou la culture virale.

L'analyse microbiologique et l'identification des organismes peuvent prendre 48 à 72 h, des résultats faux négatifs peuvent survenir à la suite d'un traitement antibiotique concomitant ou antérieur, tandis que les faux positifs peuvent représenter une colonisation ou des erreurs d'échantillonnage.

Le VITEK 2 est un système entièrement automatisé pour l'identification microbienne et les tests de sensibilité aux antimicrobiens (AST), après qu'un inoculum primaire a été préparé et standardisé. Avec ses cartes de réactifs colorimétriques, le VITEK 2 offre une plate-forme technologique de pointe pour les méthodes d'identification phénotypique.(6) L'application du panel respiratoire FilmArray dans le diagnostic des infections des voies respiratoires inférieures est conçue pour réduire le temps d'identification des micro-organismes. FilmArray est un petit appareil de PCR multiplex de bureau entièrement automatisé. Le système moléculaire comprend une extraction automatisée des acides nucléiques, une étape initiale de transcription inverse et une PCR nichée multiplex, suivies d'une analyse de la courbe de fusion .

Le BIOFIRE® FILMARRAY® Pneumonia Panel plus teste 18 bactéries (11 Gram négatives, 4 Gram positives et 3 atypiques), 7 marqueurs de résistance aux antibiotiques et 9 virus qui causent la pneumonie et d'autres infections des voies respiratoires inférieures. Il offre une sensibilité et une spécificité globales pour les échantillons de type bronchoalvéolaire (BAL) de 96,2 % et 98,3 %, respectivement, et pour les échantillons d'expectoration, une sensibilité et une spécificité de 96,3 % et 97,2 %, respectivement. système qui nécessite 5 min de temps de manipulation et 65 min de temps d'instrumentation. Plusieurs études comparatives entre FilmArray et d'autres tests pour les organismes respiratoires ont montré des résultats comparables.