Diagnos av nedre luftvägsinfektioner med hjälp av Biofire Filmarray

Akuta luftvägsinfektioner (ARI) är en ledande orsak till sjuklighet och dödlighet över hela världen. Även om det vanligtvis är mer allvarligt hos barn, äldre och immunsupprimerade patienter, är alla populationer och åldersgrupper mottagliga.

Infektioner i de nedre luftvägarna är den tredje vanligaste dödsorsaken i världen och nästan två miljoner barndödsfall över hela världen kan tillskrivas ARI, där den stora majoriteten inträffar i utvecklingsländer. Världshälsoorganisationen uppskattar att under 2013, över 8 % av alla dödsfall i östra Medelhavsregionen kunde tillskrivas ARI. Regionala data om morbiditet och etiologi för dessa infektioner saknas dock.

Dessa infektioner har en betydande inverkan på antimikrobiella recept, sjukhusvistelser och förlorad tid från arbete och skola. De vanligaste medlen som ansvarar för ARI är luftvägsvirus följt av bakterier. Empirisk behandling med antibiotika inleds ofta även när virusinfektion är en stor risk, vilket leder till onödig antibiotikaanvändning. Den tidiga diagnosen av patogenen är fördelaktig för det exakta valet av medicin, som till stor del kan undvika överanvändning eller till och med missbruk av antibiotika och förbättra den kliniska vården av patienter. Ännu viktigare är den tidiga diagnosen av smittsamma patogener, såsom Bordetella pertussis (B. pertussis) och influensavirus, kan möjliggöra tidig isolering av patienter och därmed minska spridningen av patogener.

För närvarande är de rutinmässiga detektionsmetoderna för luftvägspatogener till största delen baserade på immunologiska metoder.

Direkt diagnos av luftvägsvirus genom antigendetektion med immunofluorescensanalyser (IFA), används fortfarande men är vanligtvis begränsad till åtta virus (adenovirus [AdV], influensa A [FluA], influensa B [FluB], parainfluensa [PIV], humant metapneumovirus [HMPV] och respiratoriskt syncytialvirus [RSV]) och kan sakna känslighet beroende på virustiter, patientens ålder och tidpunkt för testning i förhållande till symptomdebut.

Molekylära metoder som polymeraskedjereaktion (PCR) ökar viral detektion på grund av en större analytisk känslighet jämfört med konventionella metoder som antigendetektion och/eller viral kultur.

Mikrobiologisk analys och identifiering av organismer kan ta 48-72 timmar, falskt negativa resultat kan uppstå som ett resultat av samtidig eller tidigare antibiotikabehandling, medan falska positiva kan representera koloniserings- eller provtagningsfel.

VITEK 2 är ett helt automatiserat system för mikrobiell identifiering och antimikrobiell känslighetstestning (AST ), efter att ett primärt inokulum har beretts och standardiserats. Med sina kolorimetriska reagenskort erbjuder VITEK 2 en toppmodern teknologiplattform för fenotypiska identifieringsmetoder.(6) Användningen av FilmArray andningspanel vid diagnos av nedre luftvägsinfektioner är utformad för att minska tiden för identifiering av mikroorganismerna FilmArray är en liten, stationär, helautomatisk multiplex PCR-enhet. Det molekylära systemet inkluderar automatiserad nukleinsyraextraktion, ett initialt omvänd transkriptionssteg och multiplex kapslad PCR, följt av en smältkurvanalys.

BIOFIRE® FILMARRAY® Pneumonia Panel plus tester för 18 bakterier (11 gramnegativa, 4 grampositiva och 3 atypiska), 7 antibiotikaresistensmarkörer och 9 virus som orsakar lunginflammation och andra nedre luftvägsinfektioner. Den erbjuder en total sensitivitet och specificitet för bronkoalveolära (BAL)-liknande prover på 96,2 % respektive 98,3 %, och för sputumprover en sensitivitet och specificitet på 96,3 % respektive 97,2 %. Testet utförs i ett slutet system som kräver 5 min hands-on-tid och 65 min instrumenteringstid. Flera jämförelsestudier mellan FilmArray och andra tester för luftvägsorganismer visade jämförbara resultat.