Diagnose av nedre luftveisinfeksjoner ved bruk av Biofire Filmarray

Akutte luftveisinfeksjoner (ARI) er en ledende årsak til sykelighet og dødelighet over hele verden. Selv om det vanligvis er mer alvorlig hos barn, eldre og immunkompromitterte pasienter, er alle populasjoner og aldersgrupper mottakelige.

Nedre luftveisinfeksjoner er den tredje ledende dødsårsaken på verdensbasis, og nesten to millioner barnedødsfall over hele verden kan tilskrives ARI, med de aller fleste i utviklingsland. Verdens helseorganisasjon anslår at over 8 % av alle dødsfall i øst i 2013 Middelhavsregionen kan tilskrives ARI. Regionale data om sykelighet og etiologi for disse infeksjonene mangler imidlertid.

Disse infeksjonene har en betydelig innvirkning på antimikrobielle resepter, sykehusinnleggelser og tapt tid fra jobb og skole. De hyppigste agensene som er ansvarlige for ARI er luftveisvirus etterfulgt av bakterier. Empirisk behandling med antibiotika igangsettes ofte selv når virusinfeksjon er en sterk mulighet, noe som fører til unødvendig antibiotikabruk. Den tidlige diagnosen av patogenet er gunstig for det nøyaktige utvalget av medisiner, som i stor grad kan unngå overforbruk eller til og med misbruk av antibiotika og forbedre den kliniske behandlingen av pasienter. Enda viktigere, den tidlige diagnosen av smittsomme patogener, slik som Bordetella pertussis (B. pertussis) og influensavirus, kan muliggjøre tidlig isolering av pasienter, og dermed redusere spredningen av patogener.

For tiden er rutinemetodene for påvisning av luftveispatogener for det meste basert på immunologiske metoder.

Direkte diagnose av luftveisvirus ved antigendeteksjon ved bruk av immunfluorescensanalyser (IFA), brukes fortsatt, men er vanligvis begrenset til åtte virus (adenovirus [AdV], influensa A [FluA], influensa B [FluB], parainfluensa [PIV], humant metapneumovirus [HMPV] og respiratorisk syncytialvirus [RSV]) og kan mangle sensitivitet avhengig av virustiter, pasientens alder og tidspunkt for testing i forhold til symptomdebut.

Molekylære metoder som polymerasekjedereaksjon (PCR) øker viral deteksjon på grunn av en større analytisk sensitivitet sammenlignet med konvensjonelle metoder som antigendeteksjon og/eller viral kultur.

Mikrobiologisk analyse og identifikasjon av organismer kan ta 48-72 timer, falske negative resultater kan oppstå som følge av samtidig eller tidligere antibiotikabehandling, mens falsk positiv kan representere koloniserings- eller prøvetakingsfeil.

VITEK 2 er et helautomatisert system for mikrobiell identifikasjon og antimikrobiell mottakelighetstesting (AST ), etter at et primært inokulum er utarbeidet og standardisert. Med sine kolorimetriske reagenskort tilbyr VITEK 2 en toppmoderne teknologiplattform for fenotypiske identifikasjonsmetoder.(6) Bruken av FilmArray luftveispanel i diagnostisering av nedre luftveisinfeksjoner er designet for å redusere tiden for identifisering av mikroorganismene. FilmArray er en liten, stasjonær, helautomatisert multipleks PCR-enhet. Det molekylære systemet inkluderer automatisert nukleinsyreekstraksjon, et innledende revers transkripsjonstrinn og multipleks nestet PCR, etterfulgt av en smeltekurveanalyse.

BIOFIRE® FILMARRAY® Pneumonia Panel pluss tester for 18 bakterier (11 gram negative, 4 gram positive og 3 atypiske), 7 antibiotikaresistensmarkører og 9 virus som forårsaker lungebetennelse og andre nedre luftveisinfeksjoner. Den gir en generell sensitivitet og spesifisitet for bronkoalveolære (BAL)-lignende prøver på henholdsvis 96,2 % og 98,3 %, og for sputumprøver en sensitivitet og spesifisitet på henholdsvis 96,3 % og 97,2 %. Testen utføres i en lukket system som krever 5 min hands-on tid og 65 min instrumenteringstid. Flere sammenligningsstudier mellom FilmArray og andre tester for luftveisorganismer viste sammenlignbare resultater.