Diagnostyka infekcji dolnych dróg oddechowych za pomocą Biofire Filmarray

Ostre infekcje dróg oddechowych (ARI) są główną przyczyną zachorowalności i śmiertelności na całym świecie. Chociaż zwykle cięższe objawy występują u dzieci, osób starszych i pacjentów z obniżoną odpornością, wszystkie populacje i grupy wiekowe są podatne.

Infekcje dolnych dróg oddechowych są trzecią najczęstszą przyczyną zgonów na świecie, a prawie dwa miliony zgonów wśród dzieci na całym świecie można przypisać ARI, przy czym zdecydowana większość ma miejsce w krajach rozwijających się. Światowa Organizacja Zdrowia szacuje, że w 2013 r. ponad 8% wszystkich zgonów we wschodnich Region Morza Śródziemnego można było przypisać ARI. Brakuje jednak regionalnych danych dotyczących zachorowalności i etiologii tych zakażeń.

Zakażenia te mają znaczący wpływ na przepisywanie leków przeciwdrobnoustrojowych, liczbę hospitalizacji oraz czas stracony w pracy i szkole. Najczęstszymi czynnikami odpowiedzialnymi za ARI są wirusy układu oddechowego, a następnie bakterie. Leczenie empiryczne antybiotykami jest często rozpoczynane nawet wtedy, gdy istnieje duże prawdopodobieństwo zakażenia wirusowego, co prowadzi do niepotrzebnego stosowania antybiotyków. Wczesna diagnoza patogenu jest korzystna dla precyzyjnego doboru leków, co w dużym stopniu pozwala uniknąć nadużywania, a nawet nadużywania antybiotyków i poprawić opiekę kliniczną nad pacjentami. Co ważniejsze, wczesna diagnoza patogenów zakaźnych, takich jak Bordetella pertussis (B. pertussis) i wirusy grypy, mogą umożliwić wczesną izolację pacjentów, ograniczając w ten sposób rozprzestrzenianie się patogenów.

Obecnie rutynowe metody wykrywania patogenów układu oddechowego opierają się głównie na metodach immunologicznych.

Bezpośrednia diagnostyka wirusów układu oddechowego poprzez wykrywanie antygenów za pomocą testów immunofluorescencyjnych (IFA) jest nadal stosowana, ale zazwyczaj ogranicza się do ośmiu wirusów (adenowirus [AdV], grypa A [FluA], grypa B [FluB], paragrypa [PIV], ludzki metapneumowirus [HMPV] i syncytialny wirus oddechowy [RSV]) i może nie wykazywać czułości w zależności od miana wirusa, wieku pacjenta i czasu wykonania badania w zależności od wystąpienia objawów.

Metody molekularne, takie jak reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR), zwiększają wykrywalność wirusów ze względu na większą czułość analityczną w porównaniu z metodami konwencjonalnymi, takimi jak wykrywanie antygenu i/lub hodowla wirusów.

Analiza mikrobiologiczna i identyfikacja drobnoustrojów może zająć 48-72 h, wyniki fałszywie ujemne mogą wystąpić w wyniku jednoczesnej lub wcześniejszej antybiotykoterapii, natomiast wyniki fałszywie dodatnie mogą świadczyć o błędach kolonizacji lub pobierania próbek.

VITEK 2 to w pełni zautomatyzowany system do identyfikacji drobnoustrojów i oznaczania wrażliwości na środki przeciwdrobnoustrojowe (AST ), po przygotowaniu i standaryzacji pierwotnego inokulum . Dzięki kolorymetrycznym kartom odczynników, VITEK 2 oferuje najnowocześniejszą platformę technologiczną dla metod identyfikacji fenotypowej.(6) Zastosowanie panelu oddechowego FilmArray w diagnostyce infekcji dolnych dróg oddechowych ma na celu skrócenie czasu identyfikacji mikroorganizmów. FilmArray to małe, stacjonarne, w pełni zautomatyzowane urządzenie multiplex PCR. System molekularny obejmuje zautomatyzowaną ekstrakcję kwasu nukleinowego, początkowy etap odwrotnej transkrypcji i multipleksową zagnieżdżoną reakcję PCR, po której następuje analiza krzywej topnienia.

BIOFIRE® FILMARRAY® Pneumonia Panel plus testuje 18 bakterii (11 Gram-ujemnych, 4 Gram-dodatnie i 3 atypowe), 7 markerów oporności na antybiotyki i 9 wirusów wywołujących zapalenie płuc i inne infekcje dolnych dróg oddechowych. Oferuje ogólną czułość i swoistość dla próbek typu BAL wynoszącą odpowiednio 96,2% i 98,3%, a dla próbek plwociny czułość i swoistość odpowiednio 96,3% i 97,2%. system, który wymaga 5 minut czasu praktycznego i 65 minut czasu oprzyrządowania. Kilka badań porównawczych między FilmArray i innymi testami na organizmy oddechowe wykazało porównywalne wyniki.