Une approche systémique pour prédire l'issue du SRAS-CoV-2 dans la population d'une ville ; COVID 19

Afin d'évaluer l'impact du nouveau SRAS-CoV-2, cette étude analyse les résultats cliniques des patients atteints d'une infection confirmée par le SRAS-CoV-2 en utilisant une approche systémique. L'objectif est d'intégrer divers ensembles de données couvrant des variables cliniques et non cliniques. Outre les facteurs de l'hôte tels que l'âge, le sexe, les comorbidités et les traitements, des facteurs microbiologiques, tels que les charges virales du SRAS-CoV-2 à l'aide d'un test d'acide nucléique (semi) quantitatif (QNAT), les séquences du génome et les réponses immunitaires spécifiques au virus sont inclus . En outre, les aspects épidémiologiques au sein de la ville, tels que le nombre de cas dans des zones spécifiques et la saturation du système de santé qui en résulte (par ex. patients hospitalisés et occupation des soins intensifs), seront analysés. D'autres données épidémiologiques seront générées à partir des mesures biologiques de tous les échantillons sériques et respiratoires disponibles (matériel restant) collectés de février 2020 à novembre 2021 sur deux saisons car il est probable qu'une deuxième vague circulera au cours de l'hiver 2020/2021 suivant.

Dans ce projet, trois études rétrospectives seront menées :

Étude A : étude cas-témoin observationnelle rétrospective pour prédire les résultats cliniques et les caractéristiques de l'infection par le SRAS-CoV-2. Les résultats cliniques des patients infectés par le SRAS-CoV-2 (cas) et des patients non infectés par le SRAS-CoV-2 avec ou sans autres virus respiratoires (contrôle) seront explorés.

Étude B : étude de surveillance épidémiologique observationnelle rétrospective pour décrire l'épidémiologie de l'épidémie de SRAS-CoV-2 ; description de la propagation épidémiologique du nouveau virus SARS-CoV-2 chez les habitants de Bâle.

Étude C : étude observationnelle rétrospective de l'évolution virale dans laquelle des matériaux respiratoires et des matériaux sanguins et tissulaires correspondants seront utilisés pour effectuer le séquençage du génome entier afin d'étudier l'évolution des agents pathogènes entre les hôtes ainsi que l'évolution chez l'hôte. Aucun matériel supplémentaire ne sera collecté. Les génomes de virus obtenus pendant la phase d'expansion, de pic et de contraction de la pandémie seront comparés pour identifier les prédicteurs de l'évolution virale, des charges virales, des espèces majoritaires, des variantes d'échappement immunitaire et des implications pour les résultats cliniques, la détection diagnostique, le traitement et la conception de vaccins . Il sera intéressant de corréler spécifiquement l'occurrence, le taux et les variantes des réinfections par le SRAS-CoV-2 dans les pâtés de maisons à haut risque d'activité et d'exposition.

Étude D : étude observationnelle rétrospective sur les résultats du traitement dans laquelle les résultats cliniques, les données de laboratoire, radiologiques, de fonction pulmonaire et virologiques ainsi que les données sur les réponses immunitaires seront utilisées pour étudier l'innocuité et l'efficacité de différentes modalités de traitement. Toutes les données et le matériel seront collectés de manière régulière pendant l'hospitalisation et en ambulatoire pour évaluer la sécurité et l'effet des différentes modalités de traitement sur les résultats.