Системный подход к прогнозированию исхода SARS-CoV-2 среди населения города; COVID-19

Чтобы оценить влияние нового SARS-CoV-2, в этом исследовании анализируются клинические исходы пациентов с подтвержденной инфекцией SARS-CoV-2 с использованием системного подхода. Цель состоит в том, чтобы интегрировать различные наборы данных, охватывающие клинические и неклинические переменные. Помимо факторов хозяина, таких как возраст, пол, сопутствующие заболевания и лечение, учитываются микробиологические факторы, такие как вирусная нагрузка SARS-CoV-2 с использованием (полу)количественного теста на нуклеиновые кислоты (QNAT), последовательности генома и вирусспецифические иммунные реакции. . Кроме того, эпидемиологические аспекты в городе, такие как количество случаев заболевания в определенных районах и, как следствие, насыщение системы здравоохранения (например, пациентов, находящихся в стационаре, и загруженность отделений интенсивной терапии) будут проанализированы. Дальнейшие эпидемиологические данные будут получены на основе биологических измерений всех доступных образцов сыворотки и респираторного материала (остаточный материал), собранных с февраля 2020 г. по ноябрь 2021 г. в течение двух сезонов, поскольку вполне вероятно, что следующей зимой 2020/2021 гг. будет циркулировать вторая волна.

В рамках этого проекта будут проведены три ретроспективных исследования:

Исследование A: ретроспективное обсервационное исследование случай-контроль для прогнозирования клинических исходов и особенностей инфекции SARS-CoV-2. Будут изучены клинические исходы пациентов, инфицированных SARSCoV-2 (случаи), и пациентов, не инфицированных SARS-CoV-2, с другими респираторными вирусами или без них (контроль).

Исследование B: ретроспективное обсервационное эпидемиологическое исследование для описания эпидемиологии вспышки SARS-CoV-2; описание эпидемиологического распространения нового вируса SARS-CoV-2 среди жителей Базеля.

Исследование C: ретроспективное обсервационное исследование эволюции вируса, в ходе которого респираторные материалы и соответствующие материалы крови и тканей будут использоваться для секвенирования всего генома для изучения эволюции патогенов между хозяевами, а также эволюции внутри хозяина. Дополнительный материал собираться не будет. Геномы вирусов, полученные во время фазы расширения, пика и сокращения пандемии, будут сравниваться для определения предикторов эволюции вируса, вирусной нагрузки, большинства видов, вариантов ускользания от иммунного ответа, а также последствий для клинического исхода, диагностического обнаружения, лечения и разработки вакцины. . Будет представлять интерес конкретная корреляция возникновения, частоты и вариантов повторного заражения SARS-CoV-2 в городских кварталах с высокой активностью и риском заражения.

Исследование D: ретроспективное обсервационное исследование результатов лечения, в котором клинические результаты, лабораторные, радиологические, легочные и вирусологические данные, а также данные об иммунных реакциях будут использоваться для изучения безопасности и эффективности различных методов лечения. Все данные и материалы будут собираться на регулярной основе во время госпитализации и в амбулаторных условиях для оценки безопасности и влияния различных методов лечения на исход.