Un enfoque de sistemas para predecir el resultado del SARS-CoV-2 en la población de una ciudad; COVID-19

Para evaluar el impacto del nuevo SARS-CoV-2, este estudio analiza los resultados clínicos de pacientes con una infección confirmada por SARS-CoV-2 utilizando un enfoque de sistemas. El objetivo es integrar varios conjuntos de datos que cubren variables clínicas y no clínicas. Además de los factores del huésped, como la edad, el género, las comorbilidades y los tratamientos, se incluyen factores microbiológicos, como las cargas virales del SARS-CoV-2 mediante una prueba de ácido nucleico (semi)cuantitativa (QNAT), las secuencias del genoma y las respuestas inmunitarias específicas del virus. . Además, los aspectos epidemiológicos dentro de la ciudad, como el número de casos en áreas específicas y la saturación resultante del sistema de salud (p. pacientes hospitalizados y ocupación de la UCI). Se generarán más datos epidemiológicos a partir de mediciones biológicas de todas las muestras respiratorias y de suero disponibles (material sobrante) recolectadas entre febrero de 2020 y noviembre de 2021 durante dos temporadas, ya que es probable que circule una segunda ola en el siguiente invierno de 2020/2021.

En este proyecto se realizarán tres estudios retrospectivos:

Estudio A: estudio observacional retrospectivo de casos y controles para predecir los resultados clínicos y las características de la infección por SARS-CoV-2. Se explorarán los resultados clínicos de pacientes infectados con SARSCoV-2 (casos) y pacientes no infectados con SARS-CoV-2 con o sin otros virus respiratorios (control).

Estudio B: estudio de vigilancia epidemiológica observacional retrospectivo para describir la epidemiología del brote de SARS-CoV-2; descripción de la propagación epidemiológica del nuevo virus SARS-CoV-2 en personas que viven en Basilea.

Estudio C: estudio de evolución viral observacional retrospectivo mediante el cual se utilizarán materiales respiratorios y materiales de sangre y tejido coincidentes para realizar la secuenciación del genoma completo para estudiar la evolución de patógenos entre huéspedes, así como la evolución dentro del huésped. No se recogerá material adicional. Los genomas de virus obtenidos durante la fase de expansión, pico y contracción de la pandemia se compararán para identificar predictores de evolución viral, cargas virales, especies mayoritarias, variantes de escape inmunitario y las implicaciones para el resultado clínico, la detección diagnóstica, el tratamiento y el diseño de vacunas. . Será de interés correlacionar específicamente la ocurrencia, la tasa y las variantes de las reinfecciones por SARS-CoV-2 en bloques de ciudades de alta actividad y riesgo de exposición.

Estudio D: estudio observacional retrospectivo de los resultados del tratamiento mediante el cual los resultados clínicos, de laboratorio, radiológicos, de la función pulmonar y los datos virológicos, así como los datos sobre las respuestas inmunitarias, se utilizarán para estudiar la seguridad y la eficacia de diferentes modalidades de tratamiento. Todos los datos y el material se recopilarán de forma rutinaria durante la hospitalización y en el ámbito ambulatorio para evaluar la seguridad y el efecto de las diferentes modalidades de tratamiento en el resultado.