En systemtilnærming for å forutsi utfallet av SARS-CoV-2 i befolkningen i en by; COVID-19

For å evaluere virkningen av den nye SARS-CoV-2 analyserer denne studien de kliniske resultatene til pasienter med en bekreftet SARS-CoV-2-infeksjon ved å bruke en systemtilnærming. Målet er å integrere ulike datasett som dekker kliniske og ikke-kliniske variabler. Ved siden av vertsfaktorer som alder, kjønn, komorbiditeter og behandlinger, er mikrobiologiske faktorer, som SARS-CoV-2 viral belastning ved bruk av en (semi)-kvantitativ nukleinsyretest (QNAT), genomsekvenser og virusspesifikke immunresponser inkludert . I tillegg kommer epidemiologiske aspekter i byen, som saksnummer i spesifikke områder og resulterende metning av helsevesenet (f.eks. pasienter som er innlagt på sykehus, og ICU-belegg), vil bli analysert. Ytterligere epidemiologiske data vil bli generert fra biologiske målinger fra alle tilgjengelige serum- og respirasjonsprøver (restmateriale) samlet inn fra februar 2020 til november 2021 over to sesonger, da det er sannsynlig at en andre bølge vil sirkulere den påfølgende vinteren 2020/2021.

I dette prosjektet vil tre retrospektive studier bli utført:

Studie A: retrospektiv observasjonell kasuskontrollstudie for å forutsi de kliniske resultatene og egenskapene til SARS-CoV-2-infeksjon. De kliniske resultatene av SARSCoV-2-infiserte pasienter (tilfeller) og ikke-SARS-CoV-2-infiserte pasienter med eller uten andre luftveisvirus (kontroll) vil bli utforsket.

Studie B: retrospektiv observasjonsepidemiologisk overvåkingsstudie for å beskrive epidemiologien til SARS-CoV-2-utbruddet; beskrivelse av den epidemiologiske spredningen av det nye SARS-CoV-2-viruset hos mennesker som bor i Basel.

Studie C: retrospektiv observasjonsstudie av viral evolusjon hvor respirasjonsmaterialer og matchende blod- og vevsmaterialer vil bli brukt til å utføre hele genomsekvensering for å studere patogenevolusjon mellom verter så vel som i vertsutvikling. Det vil ikke bli samlet inn ytterligere materiale. Virusgenomer oppnådd under utvidelses-, topp- og sammentrekningsfasen av pandemien vil bli sammenlignet for å identifisere prediktorer for viral evolusjon, viral belastning, majoritetsarter, immunfluktvarianter og implikasjonene for klinisk utfall, diagnostisk påvisning, behandling og vaksinedesign . Det vil være interessant å spesifikt korrelere forekomsten og raten og variantene av SARS-CoV-2-reinfeksjoner i byblokker med høy aktivitet og eksponeringsrisiko.

Studie D: retrospektiv observasjonsbehandlingsresultatstudie der klinisk utfall, laboratorie-, radiologiske, lungefunksjons- og virologiske data samt data om immunrespons vil bli brukt til å studere sikkerhet og effekt av ulike behandlingsmodaliteter. Alle data og materiale vil bli samlet inn på en rutinemessig basis under sykehusinnleggelse og i poliklinisk setting for å vurdere sikkerheten og effekten av ulike behandlingsmodaliteter på utfallet.