Ein Systemansatz zur Vorhersage des Ergebnisses von SARS-CoV-2 in der Bevölkerung einer Stadt; COVID 19

Um die Auswirkungen des neuen SARS-CoV-2 zu bewerten, analysiert diese Studie die klinischen Ergebnisse von Patienten mit einer bestätigten SARS-CoV-2-Infektion unter Verwendung eines Systemansatzes. Ziel ist es, verschiedene Datensätze zu integrieren, die klinische und nicht-klinische Variablen abdecken. Neben Wirtsfaktoren wie Alter, Geschlecht, Komorbiditäten und Behandlungen werden mikrobiologische Faktoren wie SARS-CoV-2-Viruslasten mit einem (semi-)quantitativen Nukleinsäuretest (QNAT), Genomsequenzen und virusspezifische Immunantworten einbezogen . Darüber hinaus werden epidemiologische Aspekte innerhalb der Stadt wie Fallzahlen in bestimmten Gebieten und daraus resultierende Sättigung des Gesundheitssystems (z. Patienten, die ins Krankenhaus eingeliefert werden, und die Belegung der Intensivstation), werden analysiert. Weitere epidemiologische Daten werden aus biologischen Messungen aller verfügbaren Serum- und Atemwegsproben (Restmaterial) generiert, die von Februar 2020 bis November 2021 über zwei Saisons gesammelt wurden, da es wahrscheinlich ist, dass im folgenden Winter 2020/2021 eine zweite Welle zirkulieren wird.

In diesem Projekt werden drei retrospektive Studien durchgeführt:

Studie A: Retrospektive Fall-Kontroll-Beobachtungsstudie zur Vorhersage der klinischen Ergebnisse und Merkmale einer SARS-CoV-2-Infektion. Die klinischen Ergebnisse von mit SARSCoV-2 infizierten Patienten (Fälle) und nicht mit SARS-CoV-2 infizierten Patienten mit oder ohne andere Atemwegsviren (Kontrolle) werden untersucht.

Studie B: retrospektive beobachtende epidemiologische Überwachungsstudie zur Beschreibung der Epidemiologie des SARS-CoV-2-Ausbruchs; Beschreibung der epidemiologischen Ausbreitung des neuen Virus SARS-CoV-2 bei in Basel lebenden Menschen.

Studie C: Retrospektive Beobachtungsstudie zur viralen Evolution, bei der Atemwegsmaterialien und passende Blut- und Gewebematerialien verwendet werden, um eine Gesamtgenomsequenzierung durchzuführen, um die Pathogenentwicklung zwischen Wirten sowie die Evolution im Wirt zu untersuchen. Es wird kein zusätzliches Material gesammelt. Virusgenome, die während der Expansions-, Höhepunkt- und Kontraktionsphase der Pandemie gewonnen wurden, werden verglichen, um Prädiktoren für die Virusentwicklung, die Viruslast, die Mehrheit der Arten, Immune Escape-Varianten und die Auswirkungen auf das klinische Ergebnis, den diagnostischen Nachweis, die Behandlung und das Impfstoffdesign zu identifizieren . Von Interesse ist insbesondere die Korrelation des Auftretens, der Rate und der Varianten von SARS-CoV-2-Reinfektionen in Stadtblöcken mit hohem Aktivitäts- und Expositionsrisiko.

Studie D: retrospektive beobachtende Behandlungsergebnisstudie, bei der klinische Ergebnisse, Labor-, radiologische, Lungenfunktions- und virologische Daten sowie Daten zu Immunantworten verwendet werden, um die Sicherheit und Wirksamkeit verschiedener Behandlungsmodalitäten zu untersuchen. Alle Daten und Materialien werden routinemäßig während des Krankenhausaufenthalts und im ambulanten Bereich erhoben, um die Sicherheit und Wirkung verschiedener Behandlungsmodalitäten auf das Ergebnis zu bewerten.