Uma abordagem de sistemas para prever o resultado do SARS-CoV-2 na população de uma cidade; COVID 19

Para avaliar o impacto do novo SARS-CoV-2, este estudo analisa os resultados clínicos de pacientes com infecção confirmada por SARS-CoV-2 usando uma abordagem de sistemas. O objetivo é integrar vários conjuntos de dados que abrangem variáveis ​​clínicas e não clínicas. Além de fatores do hospedeiro, como idade, sexo, comorbidades e tratamentos, fatores microbiológicos, como cargas virais SARS-CoV-2 usando um teste (semi) quantitativo de ácido nucleico (QNAT), sequências genômicas e respostas imunes específicas do vírus estão incluídos . Além disso, aspectos epidemiológicos da cidade, como números de casos em áreas específicas e consequente saturação do sistema de saúde (ex. pacientes internados e ocupação de UTI), serão analisados. Dados epidemiológicos adicionais serão gerados a partir de medições biológicas de todas as amostras séricas e respiratórias disponíveis (sobras de material) coletadas de fevereiro de 2020 a novembro de 2021 ao longo de duas temporadas, pois é provável que uma segunda onda circule no inverno seguinte de 2020/2021.

Neste projeto serão realizados três estudos retrospectivos:

Estudo A: estudo de caso-controle observacional retrospectivo para prever os resultados clínicos e as características da infecção por SARS-CoV-2. Os resultados clínicos de pacientes infectados por SARSCoV-2 (casos) e pacientes não infectados por SARS-CoV-2 com ou sem outros vírus respiratórios (controle) serão explorados.

Estudo B: estudo observacional retrospectivo de vigilância epidemiológica para descrever a epidemiologia do surto de SARS-CoV-2; descrição da propagação epidemiológica do novo vírus SARS-CoV-2 em pessoas que vivem em Basel.

Estudo C: estudo observacional retrospectivo da evolução viral em que materiais respiratórios e materiais de sangue e tecido correspondentes serão usados ​​para realizar o sequenciamento do genoma completo para estudar a evolução do patógeno entre os hospedeiros, bem como a evolução no hospedeiro. Nenhum material adicional será coletado. Os genomas de vírus obtidos durante a fase de expansão, pico e contração da pandemia serão comparados para identificar preditores de evolução viral, cargas virais, espécies majoritárias, variantes de escape imunológico e as implicações para resultados clínicos, detecção diagnóstica, tratamento e design de vacinas . Será interessante correlacionar especificamente a ocorrência, taxa e variantes de reinfecções por SARS-CoV-2 em quarteirões de alta atividade e risco de exposição.

Estudo D: estudo observacional retrospectivo do resultado do tratamento em que o resultado clínico, laboratorial, radiológico, função pulmonar e dados virológicos, bem como dados sobre as respostas imunes, serão usados ​​para estudar a segurança e eficácia de diferentes modalidades de tratamento. Todos os dados e materiais serão coletados rotineiramente durante a internação e no ambulatório para avaliar a segurança e o efeito de diferentes modalidades de tratamento no resultado.