En systemtilgang til at forudsige resultatet af SARS-CoV-2 i befolkningen i en by; COVID-19

For at evaluere virkningen af ​​den nye SARS-CoV-2 analyserer denne undersøgelse de kliniske resultater af patienter med en bekræftet SARS-CoV-2-infektion ved hjælp af en systemtilgang. Målet er at integrere forskellige datasæt, der dækker kliniske og ikke-kliniske variabler. Udover værtsfaktorer såsom alder, køn, komorbiditeter og behandlinger, er mikrobiologiske faktorer, såsom SARS-CoV-2 viral belastning ved hjælp af en (semi)-kvantitativ nukleinsyretest (QNAT), genomsekvenser og virusspecifikke immunresponser inkluderet . Derudover epidemiologiske aspekter i byen, såsom sagsnumre i specifikke områder og deraf følgende mætning af sundhedsvæsenet (f.eks. patienter, der er indlagt, og ICU-belægning), vil blive analyseret. Yderligere epidemiologiske data vil blive genereret fra biologiske målinger fra alle tilgængelige serum- og respiratoriske prøver (restmateriale) indsamlet fra februar 2020 til november 2021 over to sæsoner, da det er sandsynligt, at en anden bølge vil cirkulere i den følgende vinter 2020/2021.

I dette projekt vil der blive udført tre retrospektive undersøgelser:

Studie A: retrospektiv observationel case-kontrol undersøgelse for at forudsige de kliniske resultater og træk ved SARS-CoV-2 infektion. De kliniske resultater af SARSCoV-2-inficerede patienter (tilfælde) og ikke-SARS-CoV-2-inficerede patienter med eller uden andre respiratoriske vira (kontrol) vil blive udforsket.

Studie B: retrospektiv observationel epidemiologisk overvågningsundersøgelse for at beskrive epidemiologien af ​​SARS-CoV-2-udbruddet; beskrivelse af den epidemiologiske spredning af det nye SARS-CoV-2-virus hos mennesker, der bor i Basel.

Undersøgelse C: retrospektiv observationsundersøgelse af viral evolution, hvorved respiratoriske materialer og matchende blod- og vævsmaterialer vil blive brugt til at udføre hele genomsekventering for at studere patogenevolution mellem værter såvel som evolution i værten. Der vil ikke blive indsamlet yderligere materiale. Virusgenomer opnået under pandemiens ekspanderende, spids- og kontraherende fase vil blive sammenlignet for at identificere prædiktorer for viral udvikling, viral belastning, majoritetsarter, immunudslipsvarianter og implikationerne for klinisk udfald, diagnostisk påvisning, behandling og vaccinedesign . Det vil være interessant at specifikt korrelere forekomsten og hastigheden og varianterne af SARS-CoV-2-reinfektioner i byblokke med høj aktivitet og eksponeringsrisiko.

Undersøgelse D: retrospektiv observationel behandlingsresultatundersøgelse, hvorved kliniske resultater, laboratorie-, radiologiske, lungefunktions- og virologiske data samt data om immunresponser vil blive brugt til at studere sikkerhed og effektivitet af forskellige behandlingsmodaliteter. Alle data og materiale vil blive indsamlet rutinemæssigt under indlæggelse og ambulant for at vurdere sikkerheden og effekten af ​​forskellige behandlingsmodaliteter på resultatet.