En systemmetod för att förutsäga resultatet av SARS-CoV-2 i befolkningen i en stad; COVID 19

För att utvärdera effekten av den nya SARS-CoV-2 analyserar denna studie de kliniska resultaten av patienter med en bekräftad SARS-CoV-2-infektion med hjälp av ett system. Målet är att integrera olika datauppsättningar som täcker kliniska och icke-kliniska variabler. Förutom värdfaktorer som ålder, kön, komorbiditeter och behandlingar, ingår mikrobiologiska faktorer, såsom SARS-CoV-2 virusmängder med ett (semi)-kvantitativt nukleinsyratest (QNAT), genomsekvenser och virusspecifika immunsvar. . Dessutom kan epidemiologiska aspekter inom staden, såsom ärendenummer i specifika områden och resulterande mättnad av sjukvården (t.ex. patienter som är inlagda på sjukhus och beläggning på intensivvårdsavdelning) kommer att analyseras. Ytterligare epidemiologiska data kommer att genereras från biologiska mätningar från alla tillgängliga serum- och andningsprover (överblivet material) som samlats in från februari 2020 till november 2021 under två säsonger eftersom det är troligt att en andra våg kommer att cirkulera under följande vinter 2020/2021.

I detta projekt kommer tre retrospektiva studier att genomföras:

Studie A: retrospektiv observationsfall-kontrollstudie för att förutsäga de kliniska resultaten och egenskaperna hos SARS-CoV-2-infektion. De kliniska resultaten av SARSCoV-2-infekterade patienter (fall) och icke-SARS-CoV-2-infekterade patienter med eller utan andra luftvägsvirus (kontroll) kommer att utforskas.

Studie B: retrospektiv observationell epidemiologisk övervakningsstudie för att beskriva epidemiologin för SARS-CoV-2-utbrottet; beskrivning av den epidemiologiska spridningen av det nya SARS-CoV-2-viruset hos människor som bor i Basel.

Studie C: retrospektiv observationsstudie av viral evolution där andningsmaterial och matchande blod- och vävnadsmaterial kommer att användas för att utföra sekvensering av hela genomet för att studera patogenutveckling mellan värdar såväl som evolution inom värd. Inget ytterligare material kommer att samlas in. Virusgenom som erhållits under pandemins expanderande, topp- och sammandragande fas kommer att jämföras för att identifiera prediktorer för viral utveckling, virusmängder, majoritetsarter, immunutrymningsvarianter och implikationerna för kliniskt resultat, diagnostisk upptäckt, behandling och vaccindesign . Att specifikt korrelera förekomsten och hastigheten och varianterna av SARS-CoV-2-återinfektioner i stadskvarter med hög aktivitet och exponeringsrisk kommer att vara av intresse.

Studie D: retrospektiv observationsstudie av behandlingsresultat där kliniskt utfall, laboratorie-, radiologiska, lungfunktions- och virologiska data samt data om immunsvar kommer att användas för att studera säkerhet och effekt av olika behandlingsmetoder. All data och material kommer att samlas in rutinmässigt under sjukhusvistelse och i öppenvården för att bedöma säkerheten och effekten av olika behandlingsmetoder på resultatet.