Microbiome dans l'accouchement prématuré

Un total de 100 participants à l'étude seront inclus, affectés à l'un des groupes suivants :

Groupe d'étude:

• Ce groupe sera composé de 50 femmes enceintes, qui ont subi une pPROM entre 22+5 et 28+0 semaines de gestation, soit se présentant sur le site d'étude primaire, soit référées par d'autres hôpitaux, et accouché avant terme par césarienne.

Groupe de contrôle:

• Ce groupe sera composé de 50 femmes enceintes, qui doivent subir une césarienne élective au service ambulatoire du site principal de l'étude, entre 32+0 et 37+0 semaines de gestation, et accoucher à terme par césarienne.

Recrutement:

Le recrutement de tous les patients aura lieu à l'Université médicale de Vienne, Département d'obstétrique et de gynécologie. Les femmes du groupe d'étude seront référées par des hôpitaux extérieurs ou se présenteront pour une raison quelconque à notre service. La vérification de la pPROM sera effectuée par un examen au spéculum et la détection de l'accumulation de liquide amniotique. En cas de résultats incertains, un test enzymatique (par exemple, Amnisure®, QUIAGEN Sciences, LLC ; Germantown, MD 20874, USA) sera effectué. Suite à la vérification de la pPROM, les femmes qui répondent aux critères d'inclusion se verront proposer de participer à l'étude. Ceux qui subissent un accouchement vaginal spontané au lieu d'une césarienne pour une raison quelconque, seront considérés comme des abandons. Les femmes du groupe témoin seront recrutées lors de leur présentation de routine pour une césarienne élective (pour toute raison ne répondant pas aux critères d'exclusion de l'étude) qui sera programmée à terme. Celles qui accouchent avant terme bien qu'elles soient programmées pour une césarienne élective à terme seront considérées comme des abandons. Lors de leur consultation en ambulatoire, ces femmes se verront proposer de participer à l'étude.

Échantillonnage:

Tous les écouvillons seront collectés auprès des sous-investigateurs de cette étude en utilisant une procédure standardisée. Pour l'anonymat, seuls le moment, l'emplacement et le service de collecte seront marqués sur les tubes d'écouvillonnage. Après consentement éclairé, des écouvillons vaginaux seront prélevés lors de l'examen au spéculum de la paroi vaginale latérale et du fornix vaginal postérieur à l'aide d'un coton-tige stérile combiné à une brosse épithéliale. Un écouvillon rectal sera prélevé par insertion d'un écouvillon stérile dans le sphincter anal. Des écouvillons peropératoires du placenta et de la cavité utérine seront prélevés pendant la césarienne dans des conditions stériles. Des écouvillons néonataux (muqueuse buccale et peau) seront prélevés directement après l'accouchement et en période néonatale. Des échantillons de selles seront prélevés dans le méconium, défini comme les premières selles du nourrisson et les selles du nouveau-né pendant la période néonatale. Tous les échantillons seront immédiatement stockés à -80°C après le prélèvement. La brosse épithéliale sera placée dans une solution de stabilisation d'ARN RNAlater® et stockée à -80°C.

Analyse du microbiome :

L'analyse du microbiome sera effectuée au Joint Microbiome Facility (JMF) de l'Université de médecine de Vienne et de l'Université de Vienne. Les tests seront effectués par des sous-chercheurs du JMF. La composition de la communauté microbienne dans les échantillons de selles prélevés sur écouvillon sera déterminée par séquençage de l'amplicon du gène de l'ARNr 16S. En bref, l'ADN sera extrait avec le kit QIAamp Microbiome ou le kit QIAamp DNA Mini (pour les échantillons d'écouvillon et de selles, respectivement), suivi d'une amplification du gène ARNr 16S et d'un code-barres comme décrit précédemment. Échantillons d'amplicons multiplexés séquencés sur la plateforme Illumina MiSeq au JMF. Les contrôles négatifs effectués pendant l'extraction de l'ADN et l'amplification du gène de l'ARNr 16S sont systématiquement inclus dans le flux de travail de traitement des échantillons. Les données de séquence obtenues seront filtrées par qualité et démultiplexées, suivies d'une inférence de variant de séquençage d'amplicon (ASV) avec DADA2,16 permettant une analyse à la résolution taxonomique la plus élevée possible. Les séquences ASV résultantes seront classées taxonomiquement à l'aide de SINA avec la dernière version de la base de données d'ARNr SILVA SSU. Si nécessaire, les contaminants seront éliminés in silico à l'aide du progiciel decontam.

Données périnatales :

En plus de l'échantillonnage et de l'analyse par écouvillonnage, les paramètres périnataux suivants seront collectés à l'aide de la base de données fœtale PIA, version 5.6.16.917 (GE Viewpoint, Munich, Allemagne) : âge maternel [nombre], parité [nombre], éducation tertiaire [oui /non], origine ethnique [catégorie], statut relationnel [catégorie], indice de masse corporelle [nombre], abus de nicotine [oui/non], antécédents de pPROM [oui/non], antécédents de TBP [oui/non], maladies préexistantes [catégorie], dépistage des infections vaginales [oui/non], insuffisance cervicale [oui/non], prééclampsie [oui/non], saignement [oui/non], prophylaxie anténatale aux stéroïdes [oui/non], traitement antibiotique en cours [oui/ non], tocolyse [oui/non], prophylaxie au magnésium [oui/non], semaine de gestation à l'accouchement [nombre], poids de naissance [nombre], score d'Apgar à 1/5/10 minutes [nombre], pH artériel du cordon ombilical [nombre ], transfert en unité de soins intensifs néonatals [oui/non].