Mikrobiom ved for tidlig fødsel

I alt 100 undersøgelsesdeltagere vil blive inkluderet, tildelt en af ​​følgende grupper:

Studiegruppe:

• Denne gruppe vil bestå af 50 gravide kvinder, som oplevede pPROM mellem 22+5 og 28+0 svangerskabsuger, enten præsenteret på det primære undersøgelsessted eller henvist fra andre hospitaler og født for tidligt ved kejsersnit.

Kontrolgruppe:

• Denne gruppe vil bestå af 50 gravide kvinder, som er planlagt til elektivt kejsersnit i ambulatoriet på det primære undersøgelsessted, mellem 32+0 og 37+0 svangerskabsuger, og fødes til termin ved kejsersnit.

Rekruttering:

Rekruttering af alle patienter vil finde sted på det medicinske universitet i Wien, afdelingen for obstetrik og gynækologi. Kvinder i studiegruppen vil blive henvist fra eksterne sygehuse eller vil af en eller anden grund være til stede på vores afdeling. Verifikation af pPROM vil blive udført ved spekulumundersøgelse og påvisning af fostervandsopsamling. I tilfælde af uklare fund vil der blive udført en enzymatisk test (f.eks. Amnisure®, QUIAGEN Sciences, LLC; Germantown, MD 20874, USA). Efter pPROM-verifikation vil kvinder, der opfylder inklusionskriterierne, blive tilbudt at deltage i undersøgelsen. De, der oplever en spontan vaginal fødsel i stedet for et kejsersnit af en eller anden grund, vil blive betragtet som frafald. Kvinder i kontrolgruppen vil blive rekrutteret under deres rutinepræsentation til elektivt kejsersnit (af enhver grund, der ikke opfylder udelukkelseskriterierne for undersøgelsen), som vil blive planlagt til termin. De, der oplever for tidlig fødsel, selvom de er planlagt til elektivt kejsersnit ved termin, vil blive betragtet som frafald. Disse kvinder vil under deres konsultation i ambulatoriet blive tilbudt at deltage i undersøgelsen.

Prøveudtagning:

Alle podninger vil blive indsamlet fra underforskere af denne undersøgelse ved hjælp af en standardiseret procedure. Til anonymisering vil kun indsamlingstidspunkt, sted og afdeling være markeret på podepindene. Efter informeret samtykke vil vaginale podninger blive indsamlet under spekulumundersøgelse fra den laterale skedevæg og posterior fornix vaginae ved hjælp af en steril vatpind kombineret med en epitelbørste. En rektal podning vil blive opsamlet ved at indsætte en steril podning i analsfinkteren. Intraoperative podninger af placenta og livmoderhulen vil blive indsamlet under kejsersnit under sterile forhold. Neonatale podninger (bukkal slimhinde og hud) vil blive indsamlet direkte efter fødslen og i den neonatale periode. Afføringsprøver vil blive taget fra meconium, defineret som spædbarnets første afføring og afføringen fra den nyfødte i den neonatale periode. Alle prøver vil straks blive opbevaret ved -80°C efter indsamling. Epitelbørsten sættes i RNAlater® RNA-stabiliseringsopløsning og opbevares ved -80°C.

Mikrobiom analyse:

Mikrobiomanalyse vil blive udført på Joint Microbiome Facility (JMF) ved det medicinske universitet i Wien og universitetet i Wien. Testning vil blive udført af underforskere ved JMF. Den mikrobielle samfundssammensætning i indsamlede afføringspodningsprøver vil blive bestemt ved 16S rRNA gen amplikon sekventering. Kort fortalt vil DNA blive ekstraheret med QIAamp Microbiome Kit eller QIAamp DNA Mini Kit (til henholdsvis podning og afføringsprøver), efterfulgt af 16S rRNA genamplifikation og stregkodning som tidligere beskrevet. Multipleksede amplikonprøver sekventeret på Illumina MiSeq-platformen på JMF. Negative kontroller udført under DNA-ekstraktion og 16S rRNA-genamplifikation er rutinemæssigt inkluderet i prøvebehandlingsarbejdsgangen. De opnåede sekvensdata vil blive kvalitetsfiltreret og demultiplekset, efterfulgt af amplicon Sequencing Variant (ASV) inferens med DADA2,16, der muliggør analyse ved den højest mulige taksonomiske opløsning. Resulterende ASV-sekvenser vil blive taksonomisk klassificeret ved hjælp af SINA med den nyeste udgivelse af SILVA SSU rRNA-databasen. Om nødvendigt vil forurenende stoffer blive fjernet i silico ved hjælp af dekontamineringssoftwarepakken.

Perinatale data:

Ud over podningsprøvetagning og -analyse vil følgende perinatale parametre blive indsamlet ved hjælp af PIA Fetal Database, version 5.6.16.917 (GE Viewpoint, München, Tyskland): Moderens alder [antal], paritet [antal], videregående uddannelse [ja] /nej], etnicitet [kategori], forholdsstatus [kategori], body mass index [antal], nikotinmisbrug [ja/nej], historie med pPROM [ja/nej], historie med PTB [ja/nej], allerede eksisterende sygdomme [kategori], vaginal infektionsscreening [ja/nej], cervikal insufficiens [ja/nej], præeklampsi [ja/nej], blødning [ja/nej], prænatal steroidprofylakse [ja/nej], igangværende antibiotikabehandling [ja/ nej], tokolyse [ja/nej], magnesiumprofylakse [ja/nej], svangerskabsuge ved fødslen [nummer], fødselsvægt [tal], Apgar-score på 1/5/10 minutter [tal], arteriel navlestrengs pH [tal] ], overførsel til neonatal intensivafdeling [ja/nej].